Democratic_Republic_of_the_Congo/EC35/2025-10-17
M. Matondo Kuamfumu, P. Baelo, A. Lacroix, G. Odia Kadima, SP. Ndimbo Kumugo, A. Nkuba Ndaye, E. Kinganda Lusamaki, R. Jill-Léa, T. Cooreman, M. Geraerts, N. Laurent, R. van-Vreedendaal, L. Fourchault, L. Joffrin, A. Laudisoit, L. Liesenborghs, K. Vercauteren, K. Ariën, deBlock. Tessa, D. Jansen, C. Nebesse, S. Ngoy, C. Mande, P. Mbala-Kingebeni, ..., S. Ahuka-Mundeke

Institut National de Recherche Biomédicale, Kinshasa, Democratic Republic of Congo; Department of Medical Biology, University of Kinshasa, Kinshasa, Democratic Republic of the Congo; Department of ecology and biodiversity of terrestrial resources, Biodiversity Monitoring Centre (CSB), University of Kisangani, Kisangani, Democratic Republic of the Congo; Unit of TransVIHMI, University of Montpellier, Research Institute for Development, National Institute of Health and Medical Research, Montpellier, France; Department of Biomedical science, Institute of Tropical Medicine, Antwerp, Belgium; Evolutionary Ecology group, Department of Biology, University of Antwerp, Antwerp, Belgium; Vertebrate group, Directorate Taxonomy and Phylogeny, Royal Belgian Institute of Natural Sciences, Belgium; Ecology and Resource Management Research Unit (SERM), Département de Biologie des Organismes, Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, KU Leuven, Leuven, Belgium; Health Global, New York, New York, United States of America; Department of Clinical Sciences, Institute of Tropical Medicine, Antwerp, Belgium; Ministry of Public Health, Natural Sciences Research Center, Lwiro, South Kivu, Democratic Republic of Congo; Department of Environmental Sciences, Open Universiteit, Heerlen, the Netherlands

Sample details

Collection date
2025-10-17
Sampling location
Democratic Republic of the Congo (Bulape, Kasai)
Isolate name
EC35

Data use terms

Data use terms
RESTRICTED

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

Sequencing

Sequencing date
2025-11-28
Amplicon PCR primer scheme
artic-inrb-mpox/2500/v.1.0.0
Amplicon size
2500
Sequencing instrument
GridION
Sequencing protocol
amplicon sequencing

Submission details

Submission ID
EC35
Version comment
adding the host and providing additional infos on sequencing protocol
Submitting group
Date submitted
2026-09-12 11:42:52 UTC
Date released
2026-09-12 11:50:29 UTC
Earliest release date
2026-09-11

Alignment and QC

Length
196586 (74.2%)
# of SNPs
581
# of inserted bases
2688
# of deleted bases
3102
# of ambiguous bases
7
# of unknown bases
50657
# of frame shifts
4
Frame shifts
OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • A204C
  • C6904T
  • T7005C
  • G7205A
  • T7411C
  • T7648C
  • C7756A
  • T7810C
  • A8066G
  • G8277A
  • C8286T
  • A8810G
  • A8830G
  • A8893C
  • G9698A
  • C10641T
  • T10992C
  • A11097T
Deletions
6261-6342, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8471, 8968, 8993, 13276, 13353, 15549, 15550, 15924, 16608-16613, 18187-18189, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46596, 48200-48202, 50500, 50501, 50575, 50576, 71178, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 139429-139431, 140146-140154,...
Insertions
ins_6527:T, ins_6966:NNNNNNNNNGTATAATCATCACTGTCGC, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8709:NNNNNNNNNNNNN, ins_9568:N, ins_10476:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_18902:GGCTGCCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTAGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGTTTTCCGTTTGATATAGGATGT...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D
  • OPG005:M131I

OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

OPG021

  • OPG021:V38I

OPG022

  • OPG022:G73D

OPG023

  • OPG023:A90V
  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:D176N
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

OPG024

  • OPG024:S32G

OPG025

  • OPG025:E393K

OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I

OPG029

  • OPG029:C146R

OPG030

  • OPG030:N12D

OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

OPG039

  • OPG039:C279Y

OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

OPG043

  • OPG043:T3A

OPG044

  • OPG044:V63A

OPG046

  • OPG046:S95N

OPG047

  • OPG047:I232K

OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:T263M

OPG052

  • OPG052:A31T

OPG054

  • OPG054:R438G

OPG056

  • OPG056:V323A

OPG059

  • OPG059:I26L

OPG063

  • OPG063:V307A

OPG064

  • OPG064:A88S

OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

OPG068

  • OPG068:D341E

OPG071

  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

OPG072

  • OPG072:V10I

OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

OPG076

  • OPG076:S20N

OPG079

  • OPG079:C45Y

OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

OPG092

  • OPG092:I244N

OPG094

  • OPG094:R175T

OPG096

  • OPG096:I68M

OPG100

  • OPG100:K152Q

OPG101

  • OPG101:T153A

OPG102

  • OPG102:I249V

OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

OPG111

  • OPG111:I77V

OPG112

  • OPG112:H34R

OPG113

  • OPG113:V537I

OPG117

  • OPG117:D454N

OPG118

  • OPG118:V462A

OPG119

  • OPG119:T88R

OPG120

  • OPG120:H213R

OPG123

  • OPG123:A313T

OPG124

  • OPG124:R95K

OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

OPG134

  • OPG134:E226D

OPG136

  • OPG136:F283Y

OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

OPG148

  • OPG148:I313S

OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:R205H
  • OPG153:Q493P

OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG156:I261M

OPG157

  • OPG157:M24V

OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

OPG160

  • OPG160:P2S

OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

OPG163

  • OPG163:V46A

OPG164

  • OPG164:I111V

OPG165

  • OPG165:D106N

OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

OPG178

  • OPG178:I139V

OPG181

  • OPG181:S127Y

OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T

OPG187

  • OPG187:K300*

OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

OPG192

  • OPG192:G100E

OPG193

  • OPG193:I108R

OPG195

  • OPG195:C120S

OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V

OPG199

  • OPG199:K230E

OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

OPG205

  • OPG205:W169R

OPG208

  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

OPG210

  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • OPG210:E1863D
Deletions

OPG029

OPG029:153, OPG029:154

OPG031

OPG031:271

OPG049

OPG049:314

OPG157

OPG157:61

OPG159

OPG159:127-129

OPG180

OPG180:555

OPG191

OPG191:166

OPG210

OPG210:734
Insertions

OPG047

ins_OPG047:477:NGX

OPG110

ins_OPG110:79:EEV

OPG153

ins_OPG153:396:XXXXXXXXXXX

OPG172

ins_OPG172:3:MMM

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue