PP_007LP2T.1

Democratic_Republic_of_the_Congo/EC35/2025-10-17
M. Matondo Kuamfumu, P. Baelo, A. Lacroix, G. Odia Kadima, SP. Ndimbo Kumugo, A. Nkuba Ndaye, E. Kinganda Lusamaki, R. Jill-Léa, T. Cooreman, M. Geraerts, N. Laurent, R. van-Vreedendaal, L. Fourchault, L. Joffrin, A. Laudisoit, L. Liesenborghs, K. Vercauteren, K. Ariën, deBlock. Tessa, D. Jansen, C. Nebesse, S. Ngoy, C. Mande, P. Mbala-Kingebeni, ..., S. Ahuka-Mundeke

Sample details

Collection date
2025-10-17
Sampling location
Democratic Republic of the Congo (Bulape, Kasai)
Isolate name
EC35

Data use terms

Data use terms
RESTRICTED
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

Sequencing

Sequencing date
2025-11-28
Sequencing instrument
GridION
Sequencing protocol
amplicon sequencing

Submission details

Submission ID
EC35
Submitting group
Date submitted
2026-09-11 12:14:54 UTC
Date released
2026-09-11 12:15:27 UTC
Earliest release date
2026-09-11

Alignment and QC

Length
196586 (74.2%)
# of SNPs
581
# of inserted bases
2688
# of deleted bases
3102
# of ambiguous bases
7
# of unknown bases
50657
# of frame shifts
4
Frame shifts
OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • A204C
  • C6904T
  • T7005C
  • G7205A
  • T7411C
  • T7648C
  • C7756A
  • T7810C
  • A8066G
  • G8277A
  • C8286T
  • A8810G
  • A8830G
  • A8893C
  • G9698A
  • C10641T
  • T10992C
  • A11097T
Deletions
6261-6342, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8471, 8968, 8993, 13276, 13353, 15549, 15550, 15924, 16608-16613, 18187-18189, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46596, 48200-48202, 50500, 50501, 50575, 50576, 71178, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 139429-139431, 140146-140154,...
Insertions
ins_6527:T, ins_6966:NNNNNNNNNGTATAATCATCACTGTCGC, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8709:NNNNNNNNNNNNN, ins_9568:N, ins_10476:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_18902:GGCTGCCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTAGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGTTTTCCGTTTGATATAGGATGT...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D
  • OPG005:M131I

OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

OPG021

  • OPG021:V38I

OPG022

  • OPG022:G73D

OPG023

  • OPG023:A90V
  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:D176N
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

OPG024

  • OPG024:S32G

OPG025

  • OPG025:E393K

OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I

OPG029

  • OPG029:C146R

OPG030

  • OPG030:N12D

OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

OPG039

  • OPG039:C279Y

OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

OPG043

  • OPG043:T3A

OPG044

  • OPG044:V63A

OPG046

  • OPG046:S95N

OPG047

  • OPG047:I232K

OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:T263M

OPG052

  • OPG052:A31T

OPG054

  • OPG054:R438G

OPG056

  • OPG056:V323A

OPG059

  • OPG059:I26L

OPG063

  • OPG063:V307A

OPG064

  • OPG064:A88S

OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

OPG068

  • OPG068:D341E

OPG071

  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

OPG072

  • OPG072:V10I

OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

OPG076

  • OPG076:S20N

OPG079

  • OPG079:C45Y

OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

OPG092

  • OPG092:I244N

OPG094

  • OPG094:R175T

OPG096

  • OPG096:I68M

OPG100

  • OPG100:K152Q

OPG101

  • OPG101:T153A

OPG102

  • OPG102:I249V

OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

OPG111

  • OPG111:I77V

OPG112

  • OPG112:H34R

OPG113

  • OPG113:V537I

OPG117

  • OPG117:D454N

OPG118

  • OPG118:V462A

OPG119

  • OPG119:T88R

OPG120

  • OPG120:H213R

OPG123

  • OPG123:A313T

OPG124

  • OPG124:R95K

OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

OPG134

  • OPG134:E226D

OPG136

  • OPG136:F283Y

OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

OPG148

  • OPG148:I313S

OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:R205H
  • OPG153:Q493P

OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG156:I261M

OPG157

  • OPG157:M24V

OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

OPG160

  • OPG160:P2S

OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

OPG163

  • OPG163:V46A

OPG164

  • OPG164:I111V

OPG165

  • OPG165:D106N

OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

OPG178

  • OPG178:I139V

OPG181

  • OPG181:S127Y

OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T

OPG187

  • OPG187:K300*

OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

OPG192

  • OPG192:G100E

OPG193

  • OPG193:I108R

OPG195

  • OPG195:C120S

OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V

OPG199

  • OPG199:K230E

OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

OPG205

  • OPG205:W169R

OPG208

  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

OPG210

  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • OPG210:E1863D
Deletions

OPG029

OPG029:153, OPG029:154

OPG031

OPG031:271

OPG049

OPG049:314

OPG157

OPG157:61

OPG159

OPG159:127-129

OPG180

OPG180:555

OPG191

OPG191:166

OPG210

OPG210:734
Insertions

OPG047

ins_OPG047:477:NGX

OPG110

ins_OPG110:79:EEV

OPG153

ins_OPG153:396:XXXXXXXXXXX

OPG172

ins_OPG172:3:MMM

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue