Democratic_Republic_of_the_Congo/EC31/2025-10-17
M. Matondo Kuamfumu, P. Baelo, A. Lacroix, G. Odia Kadima, SP. Ndimbo Kumugo, A. Nkuba Ndaye, E. Kinganda Lusamaki, R. Jill-Léa, T. Cooreman, M. Geraerts, N. Laurent, R. van-Vreedendaal, L. Fourchault, L. Joffrin, A. Laudisoit, L. Liesenborghs, K. Vercauteren, K. Ariën, deBlock. Tessa, D. Jansen, C. Nebesse, S. Ngoy, C. Mande, P. Mbala-Kingebeni, ..., S. Ahuka-Mundeke

Institut National de Recherche Biomédicale, Kinshasa, Democratic Republic of Congo; Department of Medical Biology, University of Kinshasa, Kinshasa, Democratic Republic of the Congo; Department of ecology and biodiversity of terrestrial resources, Biodiversity Monitoring Centre (CSB), University of Kisangani, Kisangani, Democratic Republic of the Congo; Unit of TransVIHMI, University of Montpellier, Research Institute for Development, National Institute of Health and Medical Research, Montpellier, France; Department of Biomedical science, Institute of Tropical Medicine, Antwerp, Belgium; Evolutionary Ecology group, Department of Biology, University of Antwerp, Antwerp, Belgium; Vertebrate group, Directorate Taxonomy and Phylogeny, Royal Belgian Institute of Natural Sciences, Belgium; Ecology and Resource Management Research Unit (SERM), Département de Biologie des Organismes, Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, KU Leuven, Leuven, Belgium; Health Global, New York, New York, United States of America; Department of Clinical Sciences, Institute of Tropical Medicine, Antwerp, Belgium; Ministry of Public Health, Natural Sciences Research Center, Lwiro, South Kivu, Democratic Republic of Congo; Department of Environmental Sciences, Open Universiteit, Heerlen, the Netherlands

Sample details

Collection date
2025-10-17
Sampling location
Democratic Republic of the Congo (Bulape, Kasai)
Isolate name
EC31

Data use terms

Data use terms
RESTRICTED

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

Sequencing

Sequencing date
2025-11-28
Amplicon PCR primer scheme
artic-inrb-mpox/2500/v.1.0.0
Amplicon size
2500
Sequencing instrument
GridION
Sequencing protocol
amplicon sequencing

Submission details

Submission ID
EC31
Version comment
adding the host and providing additional infos on sequencing protocol
Submitting group
Date submitted
2026-09-12 11:33:17 UTC
Date released
2026-09-12 11:50:29 UTC
Earliest release date
2026-09-11

Alignment and QC

Length
187450 (41%)
# of SNPs
333
# of inserted bases
2674
# of deleted bases
2991
# of ambiguous bases
1
# of unknown bases
106912
# of frame shifts
5
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:467-483(nt:29746-29796),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG191:167-169(nt:166658-166667)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • T466C
  • G475A
  • C630A
  • T720C
  • G749A
  • G907A
  • G994A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • G1319T
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • T3099G
Deletions
458-460, 600-609, 2239-2241, 4693-4775, 8055, 13276, 13374, 15549, 15550, 15747, 15872, 17877-17881, 24310, 24338, 29273-29291, 32194-32196, 33199, 33414, 40212, 46506-46508, 46596, 48166-48168, 50589-50606, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 139640-139642, 142755, 143459, 144397, 145892, 145979-145981, 146084, 146085, 150539, 150568, 151022-151026, 151043,...
Insertions
ins_631:GAGAGAA, ins_755:ACA, ins_1374:GGATACCTCATCATCTTC, ins_1700:N, ins_4598:T, ins_6256:TT, ins_7405:NNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_7514:NNN, ins_13032:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_18902:GGCTGCCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTAGTTGTATGAGTGTA...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:T86N

OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:L136F

OPG019

  • OPG019:M124R

OPG024

  • OPG024:S32G

OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:F79L
  • OPG027:V126I

OPG031

  • OPG031:T80M

OPG034

  • OPG034:L205R

OPG037

  • OPG037:C144Y

OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V

OPG054

  • OPG054:R438G

OPG056

  • OPG056:V323A

OPG059

  • OPG059:I26L

OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T

OPG072

  • OPG072:V10I

OPG074

  • OPG074:N199D

OPG076

  • OPG076:S20N

OPG079

  • OPG079:C45Y

OPG085

  • OPG085:T328A

OPG096

  • OPG096:I68M

OPG104

  • OPG104:T12A

OPG105

  • OPG105:V113G

OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

OPG109

  • OPG109:R364S

OPG117

  • OPG117:D454N

OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A

OPG123

  • OPG123:I172T

OPG125

  • OPG125:E111D

OPG133

  • OPG133:F594S

OPG134

  • OPG134:E226D

OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y

OPG144

  • OPG144:T184I

OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:Q463R

OPG150

  • OPG150:D256E

OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

OPG153

  • OPG153:M14T

OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

OPG160

  • OPG160:P2S

OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

OPG163

  • OPG163:V46A

OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

OPG165

  • OPG165:D106N

OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

OPG176

  • OPG176:L227S

OPG187

  • OPG187:K300*

OPG189

  • OPG189:K185R

OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

OPG192

  • OPG192:G100E

OPG199

  • OPG199:K230E

OPG200

  • OPG200:D52G

OPG205

  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S

OPG210

  • OPG210:V173I
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
Deletions

OPG002

OPG002:172

OPG164

OPG164:228

OPG191

OPG191:166

OPG210

OPG210:743
Insertions

OPG001

ins_OPG001:74:DDEVSE

OPG047

ins_OPG047:483:XXX

OPG164

ins_OPG164:212:*

OPG210

ins_OPG210:145:XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue