PP_007LP1V.1

Democratic_Republic_of_the_Congo/EC31/2025-10-17
M. Matondo Kuamfumu, P. Baelo, A. Lacroix, G. Odia Kadima, SP. Ndimbo Kumugo, A. Nkuba Ndaye, E. Kinganda Lusamaki, R. Jill-Léa, T. Cooreman, M. Geraerts, N. Laurent, R. van-Vreedendaal, L. Fourchault, L. Joffrin, A. Laudisoit, L. Liesenborghs, K. Vercauteren, K. Ariën, deBlock. Tessa, D. Jansen, C. Nebesse, S. Ngoy, C. Mande, P. Mbala-Kingebeni, ..., S. Ahuka-Mundeke

Sample details

Collection date
2025-10-17
Sampling location
Democratic Republic of the Congo (Bulape, Kasai)
Isolate name
EC31

Data use terms

Data use terms
RESTRICTED
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

Sequencing

Sequencing date
2025-11-28
Sequencing instrument
GridION
Sequencing protocol
amplicon sequencing

Submission details

Submission ID
EC31
Submitting group
Date submitted
2026-09-11 12:14:54 UTC
Date released
2026-09-11 12:15:27 UTC
Earliest release date
2026-09-11

Alignment and QC

Length
187450 (41%)
# of SNPs
333
# of inserted bases
2674
# of deleted bases
2991
# of ambiguous bases
1
# of unknown bases
106912
# of frame shifts
5
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:467-483(nt:29746-29796),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG191:167-169(nt:166658-166667)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • T466C
  • G475A
  • C630A
  • T720C
  • G749A
  • G907A
  • G994A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • G1319T
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • T3099G
Deletions
458-460, 600-609, 2239-2241, 4693-4775, 8055, 13276, 13374, 15549, 15550, 15747, 15872, 17877-17881, 24310, 24338, 29273-29291, 32194-32196, 33199, 33414, 40212, 46506-46508, 46596, 48166-48168, 50589-50606, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 139640-139642, 142755, 143459, 144397, 145892, 145979-145981, 146084, 146085, 150539, 150568, 151022-151026, 151043,...
Insertions
ins_631:GAGAGAA, ins_755:ACA, ins_1374:GGATACCTCATCATCTTC, ins_1700:N, ins_4598:T, ins_6256:TT, ins_7405:NNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_7514:NNN, ins_13032:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_18902:GGCTGCCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTAGTTGTATGAGTGTA...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:T86N

OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:L136F

OPG019

  • OPG019:M124R

OPG024

  • OPG024:S32G

OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:F79L
  • OPG027:V126I

OPG031

  • OPG031:T80M

OPG034

  • OPG034:L205R

OPG037

  • OPG037:C144Y

OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V

OPG054

  • OPG054:R438G

OPG056

  • OPG056:V323A

OPG059

  • OPG059:I26L

OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T

OPG072

  • OPG072:V10I

OPG074

  • OPG074:N199D

OPG076

  • OPG076:S20N

OPG079

  • OPG079:C45Y

OPG085

  • OPG085:T328A

OPG096

  • OPG096:I68M

OPG104

  • OPG104:T12A

OPG105

  • OPG105:V113G

OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

OPG109

  • OPG109:R364S

OPG117

  • OPG117:D454N

OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A

OPG123

  • OPG123:I172T

OPG125

  • OPG125:E111D

OPG133

  • OPG133:F594S

OPG134

  • OPG134:E226D

OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y

OPG144

  • OPG144:T184I

OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:Q463R

OPG150

  • OPG150:D256E

OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

OPG153

  • OPG153:M14T

OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

OPG160

  • OPG160:P2S

OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

OPG163

  • OPG163:V46A

OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

OPG165

  • OPG165:D106N

OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

OPG176

  • OPG176:L227S

OPG187

  • OPG187:K300*

OPG189

  • OPG189:K185R

OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

OPG192

  • OPG192:G100E

OPG199

  • OPG199:K230E

OPG200

  • OPG200:D52G

OPG205

  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S

OPG210

  • OPG210:V173I
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
Deletions

OPG002

OPG002:172

OPG164

OPG164:228

OPG191

OPG191:166

OPG210

OPG210:743
Insertions

OPG001

ins_OPG001:74:DDEVSE

OPG047

ins_OPG047:483:XXX

OPG164

ins_OPG164:212:*

OPG210

ins_OPG210:145:XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue