PP_000TRT1.2

USA/PP_000TRT1.2/2022-07
J. Sereewit, H. Xie, P. Roychoudhury & A. L. Greninger

UW Virology, Laboratory Medicine

Sample details

Collection date
2022-07
Sampling location
USA (WA)
Isolate name
MpxV/human/USA/WA-UW-072839/2022

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
B.1.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2022-08-08
NCBI update date
2022-09-07
Raw reads accession

Host

Host

Submission details

Submission ID
OP169346.1
Submitting group
Date submitted
2025-02-03 15:01:44 UTC
Date released
2025-02-03 15:06:57 UTC
Earliest release date
2022-08-08

Alignment and QC

Length
197178 (100%)
# of SNPs
68
# of deleted bases
31
# of ambiguous bases
2

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
  • G37202A
  • G38360A
Deletions

608, 609, 133177-133186, 150586-150602, 196616, 196617
Insertions
N/A

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I
  • OPG094:R194H

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue