PP_004EE4E.2

Restricted-Use sequence

This sequence is only available under the Restricted Use Terms. This prohibits publications that use this sequence as focal data during the restricted-use period, except with the consent of the sequence submitters.
Display Name: Kenya/PP_004EE4E.2/2025-11-20
Dorcas Okanda, Sebastian Musundi, Evelyne Makena, Kevin Wamae, Daniel Carter, Samuel Odoyo, Leonard Kingwara, John Kiiru, Hildergard Wasike, Ling Wang, Eunice Kagucia, Cristina Leggio, James Hargreaves, George Githinji, Farhana Haque & Charles N. Agoti

Sample details

Collection date
2025-11-20
Sample received date
2025-11-20
Country
Kenya
Admin level 1
Mombasa
Isolate name
RVG-012

Data use terms

Data use terms
RESTRICTED

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-12-16 05:09smusundiRESTRICTED until 2026-12-16
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ib
Outbreak
sh2023
Lineage
None

Authors

Author affiliations
Epidemiology and Demography Department, KEMRI-Wellcome Trust, Kenya;United Kingdom Public Health Rapid Support Team/London School of Hygiene and Tropical Medicine, UK; County Department of Health, Mombasa County, Kenya

Sampling

Collection device
swab

Host

Host name - scientific
Homo sapiens

Sequencing

Sequencing date
2025-12-08
Sequencing instrument
Oxford Nanopore MinION
Sequencing protocol
ARTIC 2500 bp primer scheme
Depth of coverage
209

Alignment and QC metrics

Length
187182
Completeness
92.63%
# of SNPs
787
# of inserted bases
2575
# of deleted bases
3160
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
5097
# of frame shifts
6
# of stop codons
1
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG153:370-371(nt:136556-136560),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG191:167-169(nt:166658-166667)
Stop Codons
OPG175:98

Submission details

Submission ID
RVG-013
Submitting group
Date submitted
2025-12-21 22:38:01 UTC
Date released
2025-12-21 22:52:34 UTC
Earliest release date
2025-12-16

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T466C
  • G475A
  • C630A
  • T720C
  • G749A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • G2967A
  • T3099G
    • Deletions
    582, 583, 600-609, 2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8499, 8919, 8993, 9282, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 29218-29223, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50527-50540, 50575, 50576,...
    Insertions
    ins_631:GAGAGAA, ins_755:ACA, ins_1697:A, ins_4598:T, ins_6256:TT, ins_6527:T, ins_6644:A, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8608:ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT, ins_9264:A, ins_9549:NNNNNNNNNNNNN, ins_9568:TT, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_16543:ATTA,...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

    • OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:I48T
  • OPG015:L136F
  • OPG015:A249T

    • OPG019

  • OPG019:G112C
  • OPG019:M124R

    • OPG021

  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

    • OPG022

  • OPG022:G73D

    • OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

    • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

    • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K

    • OPG034

  • OPG034:P184H
  • OPG034:L205R

    • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:V17I
  • OPG036:D25E

    • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

    • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

    • OPG039

  • OPG039:C279Y

    • OPG040

  • OPG040:M160I
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG042

  • OPG042:T159I

    • OPG043

  • OPG043:T3A
  • OPG043:N68S

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG047

  • OPG047:I232K

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

    • OPG054

  • OPG054:R438G

    • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y

    • OPG059

  • OPG059:I26L

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N
  • OPG066:K140N
  • OPG066:L222I

    • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

    • OPG070

  • OPG070:Y12H
  • OPG070:H205Y

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

    • OPG072

  • OPG072:V10I

    • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

    • OPG076

  • OPG076:S20N

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A

    • OPG089

  • OPG089:D303E

    • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

    • OPG092

  • OPG092:I244N

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M
  • OPG096:L75P

    • OPG100

  • OPG100:R134H
  • OPG100:K152Q

    • OPG101

  • OPG101:T153A

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

    • OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

    • OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

    • OPG111

  • OPG111:I77V

    • OPG112

  • OPG112:H34R

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:S124L

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:T493M
  • OPG125:I514V

    • OPG126

  • OPG126:A26S

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

    • OPG133

  • OPG133:F594S

    • OPG134

  • OPG134:E226D

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:M740I

    • OPG140

  • OPG140:P39H

    • OPG144

  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:P76Q
  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

    • OPG148

  • OPG148:I313S

    • OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:E164K
  • OPG156:T222A

    • OPG157

  • OPG157:M24V

    • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

    • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

    • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

    • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:V96I
  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG173

  • OPG173:N21S

    • OPG174

  • OPG174:R315C

    • OPG175

  • OPG175:Q98*

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T
  • OPG185:T239I

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:S227F
  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

    • OPG192

  • OPG192:G100E

    • OPG193

  • OPG193:I108R
  • OPG193:E197K

    • OPG195

  • OPG195:C120S

    • OPG197

  • OPG197:M1I
  • OPG197:S18T

    • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R

    • OPG199

  • OPG199:D208N
  • OPG199:K230E

    • OPG200

  • OPG200:E134G

    • OPG204

  • OPG204:N178K

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A
  • OPG205:R733Q

    • OPG208

  • OPG208:A34V
  • OPG208:I142T
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:A475V
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:E1057D
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
    • Deletions
    OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG045:16, OPG045:17, OPG049:314, OPG159:124-126, OPG164:131-146, OPG164:228, OPG191:166, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG047:483:X, ins_OPG110:79:EEV, ins_OPG153:376:H, ins_OPG164:212:*, ins_OPG172:3:MMMMMMM, ins_OPG197:35:TD

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue