PP_004DYJ3.2

Display Name: United_Kingdom/PP_004DYJ3.2/2025-10
H. Hartman, I. Everall & S. Pullan

Sample details

Collection date
2025-10
Country
United Kingdom

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-12-07 06:57insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ib/IIb
Outbreak
recombinant
Lineage
None

Authors

Author affiliations
UKHSA, Rare and Imported Pathogens, Porton Down, Salisbury, Wiltshire

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2025-12-06
NCBI update date
2025-12-07

Sampling

Anatomical material
swab of mpox vesicle
Anatomical part
skin lesion
Collection device
swab
Collection method
collecting specimen with swab (of vesicle)

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host name - common
Human
Host disease
mpox
Travel history
traveller returning from a country in Asia to the UK

Sequencing

Purpose of sequencing
diagnostic testing sampling
Amplicon PCR primer scheme
https://labs.primalscheme.com/detail/artic-inrb-mpox/2500/v1.0.0/
Amplicon size
2500bp
Sequencing instrument
Oxford Nanopore
Sequencing protocol
ARTIC 2.5 kb tiling amplicon scheme artic-inrb-mpox/2500/v1.0.0
Reference genome accession
PP601219.1
Consensus sequence software name
artic-mpxv-nf v2.0.0 pipeline with Clair3
Consensus sequence software version
2.0.0

Alignment and QC metrics

Length
186121
Completeness
95.20%
# of SNPs
525
# of inserted bases
1404
# of deleted bases
3050
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
24
# of frame shifts
7
# of stop codons
1
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG153:370-371(nt:136556-136560),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG197:23-101(nt:169734-169972)
Stop Codons
OPG175:98

Submission details

Submission ID
OZ375330.1
Version comment
inter-clade recombinant: Clade Ib & Clade IIb, see post: https://virological.org/t/1015
Submitting group
Date submitted
2025-12-12 17:03:59 UTC
Date released
2025-12-12 17:34:28 UTC
Earliest release date
2025-12-06

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T466C
  • G475A
  • C630A
  • T720C
  • G749A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • G1502A
  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • G2967A
    • Deletions
    600-609, 2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 41935, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 136555, 140134-140142, 142755, 143168-143215, 143459, 145892, 145979-145981, 146084, 146085, 146870,...
    Insertions
    ins_631:GAGAGAA, ins_755:ACA, ins_1697:A, ins_4598:T, ins_6256:TTT, ins_6527:T, ins_6644:A, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8608:ATATATATATATAT, ins_9264:A, ins_9568:TT, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_16543:ATTA, ins_16560:AT,...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S25L

    • OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

    • OPG015

  • OPG015:S115F
  • OPG015:A249T

    • OPG019

  • OPG019:G112C
  • OPG019:M124R

    • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

    • OPG022

  • OPG022:G73D

    • OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

    • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:D43N
  • OPG030:S113N

    • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K

    • OPG034

  • OPG034:P184H
  • OPG034:L205R

    • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

    • OPG039

  • OPG039:C279Y

    • OPG040

  • OPG040:M160I
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG043

  • OPG043:T3A
  • OPG043:N68S

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG066

  • OPG066:E13K

    • OPG069

  • OPG069:D121N

    • OPG071

  • OPG071:T717I

    • OPG084

  • OPG084:Q620R

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

    • OPG089

  • OPG089:D303E

    • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

    • OPG092

  • OPG092:I244N

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M
  • OPG096:L75P

    • OPG102

  • OPG102:D108N

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:S124L

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:T493M
  • OPG125:I514V

    • OPG126

  • OPG126:A26S

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

    • OPG133

  • OPG133:F594S

    • OPG134

  • OPG134:E226D

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:M740I

    • OPG142

  • OPG142:R32K

    • OPG143

  • OPG143:S253F

    • OPG144

  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:P76Q
  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

    • OPG148

  • OPG148:I313S

    • OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A

    • OPG157

  • OPG157:M24V

    • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

    • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

    • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

    • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:V96I
  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG173

  • OPG173:N21S

    • OPG174

  • OPG174:R315C

    • OPG175

  • OPG175:Q98*

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

    • OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T
  • OPG185:T239I

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:S227F
  • OPG188:V265I
  • OPG188:S309L
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

    • OPG192

  • OPG192:G100E

    • OPG197

  • OPG197:S18T

    • OPG204

  • OPG204:A202T

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG208

  • OPG208:S91L

    • OPG210

  • OPG210:D198N
    • Deletions
    OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG159:124-126, OPG164:131-146, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG197:20-22
    Insertions
    ins_OPG047:483:X, ins_OPG110:79:EEV, ins_OPG153:376:II, ins_OPG164:212:*, ins_OPG172:3:MMMMMMMM

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue