PP_0049BUC.2

Restricted-Use sequence

This sequence is only available under the Restricted Use Terms. This prohibits publications that use this sequence as focal data during the restricted-use period, except with the consent of the sequence submitters.
Display Name: Senegal/PP_0049BUC.2/2025-08-20
M. Faye, N. C. Sall, S. F. M. NGom, F. D. Thiaw & L. G. Boussiengui

Sample details

Collection date
2025-08-20
Country
Senegal
Admin level 1
Dakar
City
Dakar
Isolate name
Mpox virus

Data use terms

Data use terms
RESTRICTED

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-10-07 18:29martino86RESTRICTED until 2026-10-07
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ib
Outbreak
None
Lineage
None

Authors

Author affiliations
Virology Department, Institut Pasteur de Dakar

Sampling

Sample type
Swab of the skin lesions
Purpose of sampling
National surveillance program
Anatomical material
skin lesions
Anatomical part
Body
Environmental site
Dakar

Host

Host name - scientific
Homo Sapiens
Host age
28
Host gender
Male
Host origin country
East Africa

Sequencing

Sequencing date
2025-08-23
Sequencing instrument
GridIon Mk1C
Sequencing protocol
amplicon-based method
Sequencing assay type
Oxford nanopore technologies
Sequenced by - organization
Institut Pasteur de Dakar
Sequenced by - contact email
martin.faye@pasteur.sn

Diagnostics

Diagnostic measurement - method
qPCR

Alignment and QC metrics

Length
193080
Completeness
98.30%
# of SNPs
832
# of inserted bases
268
# of deleted bases
3671
# of ambiguous bases
8
# of unknown bases
2617
# of frame shifts
178
# of stop codons
1
Frame shifts
OPG001:82-132(nt:1181-1332),OPG002:113-350(nt:1702-2415),OPG003:4-168(nt:4105-4598),OPG003:421-558(nt:2936-3347),OPG015:160-264(nt:5366-5679),OPG019:50-143(nt:7725-8008),OPG021:64-243(nt:9774-10315),OPG022:44-127(nt:10478-10729),OPG023:381-396(nt:11714-11760),OPG024:6-65(nt:13034-13213),OPG025:48-631(nt:13375-15126),OPG027:134-151(nt:15925-15978),OPG029:10-156(nt:16602-17042),...
Stop Codons
OPG175:98

Submission details

Submission ID
MKP_250027_SEN_2025
Submitting group
Date submitted
2025-10-13 16:54:27 UTC
Date released
2025-10-13 16:54:40 UTC
Earliest release date
2025-10-07

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T466C
  • G475A
  • C630A
  • T720C
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • C2931A
  • G2967A
  • T3099G
  • C3143T
    • Deletions
    415, 416, 482, 600-609, 1102-1104, 1180, 1252, 1333, 2239-2241, 2416, 2934, 2935, 3348, 4104, 4693-4775, 5365, 5584, 5680, 6432, 6433, 6588, 7019-7026, 7148-7151, 7253, 7404, 7405, 7724, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8499, 8746, 8919, 8993, 9282, 9529, 9773, 9931, 10502, 10730, 11713, 11749, 11761, 13214, 13276, 13353, 15127, 15549, 15550, 15629, 15657, 15701-15703, 15795, 15872, 15979,...
    Insertions
    ins_631:GAGAGAA, ins_755:ACA, ins_4598:T, ins_6527:T, ins_6644:A, ins_6967:T, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8608:ATATATATATATATATATATAT, ins_9264:A, ins_9568:T, ins_13297:TTTA, ins_16407:GTGT, ins_16543:ATTA, ins_22468:T, ins_23184:TACGGACAATAG, ins_25551:TGT, ins_47779:ATT, ins_47935:TGAGTAAADNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA,...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG003

  • OPG003:A189V

    • OPG005

  • OPG005:S3F

    • OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:I48T
  • OPG015:L136F

    • OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

    • OPG021

  • OPG021:V38I

    • OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I

    • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

    • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E

    • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:V17I
  • OPG036:D25K

    • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

    • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

    • OPG040

  • OPG040:M160I
  • OPG040:P254A

    • OPG042

  • OPG042:T159I

    • OPG043

  • OPG043:T3A
  • OPG043:N68S

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:K147N

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V

    • OPG056

  • OPG056:V323A

    • OPG059

  • OPG059:I26L

    • OPG063

  • OPG063:K61R
  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

    • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

    • OPG070

  • OPG070:Y12H

    • OPG072

  • OPG072:V10I

    • OPG076

  • OPG076:S20N

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG085

  • OPG085:S79T

    • OPG091

  • OPG091:V62I

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M
  • OPG096:L75P

    • OPG100

  • OPG100:R134H
  • OPG100:K152Q

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:I1070V

    • OPG108

  • OPG108:V4A

    • OPG109

  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:S124L

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T

    • OPG125

  • OPG125:E111D

    • OPG126

  • OPG126:A26S

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:P127L
  • OPG130:L270I

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG140

  • OPG140:P39H

    • OPG144

  • OPG144:L94F
  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:I264T

    • OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A

    • OPG157

  • OPG157:M24V

    • OPG159

  • OPG159:T2A

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:Y217H

    • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:V96I
  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG173

  • OPG173:N21S

    • OPG175

  • OPG175:Q98*

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

    • OPG185

  • OPG185:T239I

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

    • OPG193

  • OPG193:I108R

    • OPG197

  • OPG197:M1I

    • OPG199

  • OPG199:D208N

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A
  • OPG205:R733Q

    • OPG208

  • OPG208:A34V

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
    • Deletions
    OPG001:159, OPG003:560, OPG005:49, OPG015:265, OPG019:49, OPG021:63, OPG023:397, OPG038:140, OPG042:3, OPG042:76, OPG043:255, OPG044:148, OPG045:16, OPG045:17, OPG047:328, OPG048:270, OPG049:122, OPG053:78, OPG054:151, OPG055:29, OPG060:7, OPG063:211, OPG064:411, OPG068:159, OPG069:35, OPG082:55, OPG082:157, OPG082:361, OPG082:362, OPG084:72, OPG084:272, OPG084:334, OPG090:26,...
    Insertions
    ins_OPG164:212:*

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue