PP_00340B1.3

Sierra_Leone/PP_00340B1.3/2025-07-08
Allan K. O. Campbell, Martin Faye, Mohamed Kane, Mignane Ndiaye, Ifeanyi Omah, Andy Mahine Diouf, Mamadaou Aliou Barry, Aboubacry Gaye, Moussa Moise Diagne, Aminata Koroma, Mohamed Boie, Zikan Koroma, Joseph Kanu, Boubacar Diallo, Abdurahmane Sow, Amadou Alpha Sall, Ibrahima Soce Fall, Doris Harding, James Squire, Mohamed Alex Vandi & Foday Sahr

National Public Health Agency (NPHA) Sierra Leone, Central Public Health Reference Laboratory, Institute Pasteur de Dakar,University of Edinburg

Sample details

Collection date
2025-07-08
Sampling location
Sierra Leone (Bombali)

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-17 21:05oakcampbell25@gmail.comOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
G.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Submission details

Submission ID
PL-25-07-033|Bombali|SLE|2025-07-08
Submitting group
Date submitted
2025-10-17 08:11:57 UTC
Date released
2025-10-17 08:42:57 UTC
Earliest release date
2025-08-17

Alignment and QC

Length
186645 (92.3%)
# of SNPs
74
# of deleted bases
25
# of unknown bases
4723
# of frame shifts
2
Frame shifts
OPG044:149-150(nt:28533-28540),OPG174:290-347(nt:148355-148528)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
  • T28175C
  • C30636T
Deletions

28532, 136546-136554, 148529-148535, 163207-163214
Insertions
N/A

Amino acid mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG015

  • OPG015:D18N

OPG021

  • OPG021:S196L

OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

OPG025

  • OPG025:D160N

OPG031

  • OPG031:D13N

OPG036

  • OPG036:S51F

OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

OPG044

  • OPG044:D17N

OPG047

  • OPG047:D187N

OPG049

  • OPG049:S95L

OPG053

  • OPG053:G38E

OPG060

  • OPG060:S107L

OPG083

  • OPG083:R341K

OPG089

  • OPG089:E109K

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG106

  • OPG106:R29K

OPG112

  • OPG112:E85K

OPG113

  • OPG113:V528I

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG122

  • OPG122:H198Y

OPG132

  • OPG132:M357I

OPG133

  • OPG133:S616F

OPG136

  • OPG136:A327T

OPG145

  • OPG145:D29N

OPG150

  • OPG150:S43L

OPG172

  • OPG172:E56K

OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

OPG176

  • OPG176:Q22*

OPG180

  • OPG180:D442N

OPG185

  • OPG185:D68N

OPG188

  • OPG188:H120Y

OPG190

  • OPG190:P221S

OPG198

  • OPG198:E57K

OPG204

  • OPG204:E314K

OPG205

  • OPG205:R689C

OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
Deletions

OPG044

OPG044:148

OPG153

OPG153:383-385

OPG174

OPG174:288, OPG174:289
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue