PP_0033Z4J.3

Sierra_Leone/PL-25-06-037|Tonkolili|SLE|2025-06-24/2025-06-24
Allan K. O. Campbell, Martin Faye, Mohamed Kane, Mignane Ndiaye, Ifeanyi Omah, Andy Mahine Diouf, Mamadaou Aliou Barry, Aboubacry Gaye, Moussa Moise Diagne, Aminata Koroma, Mohamed Boie, Zikan Koroma, Joseph Kanu, Boubacar Diallo, Abdurahmane Sow, Amadou Alpha Sall, Ibrahima Soce Fall, Doris Harding, James Squire, Mohamed Alex Vandi & Foday Sahr

National Public Health Agency (NPHA) Sierra Leone, Central Public Health Reference Laboratory, Institute Pasteur de Dakar,University of Edinburg

Sample details

Collection date
2025-06-24
Sampling location
Sierra Leone (Tonkolili)

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
G.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Submission details

Submission ID
PL-25-06-037|Tonkolili|SLE|2025-06-24
Submitting group
Date submitted
2025-10-17 08:11:57 UTC
Date released
2025-10-17 08:42:57 UTC
Earliest release date
2025-08-17

Files

Annotations

Alignment and QC

Length
186111 (53.6%)
# of SNPs
50
# of deleted bases
16
# of unknown bases
80449
# of frame shifts
1
Frame shifts
OPG174:290-347(nt:148355-148528)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • C5961T
  • C6105T
  • C6555T
  • C10173T
  • C13298T
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
  • T28175C
  • C30636T
  • G32868A
  • C34472T
  • C34578T
  • G57786A
  • G77383A
  • G80099A
Deletions
148529-148535, 163190-163198
Insertions
N/A

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG015

  • OPG015:D18N
  • OPG015:D66N

OPG021

  • OPG021:S196L

OPG036

  • OPG036:S51F

OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

OPG044

  • OPG044:D17N

OPG047

  • OPG047:D187N

OPG049

  • OPG049:S95L

OPG053

  • OPG053:G38E

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG106

  • OPG106:R29K

OPG112

  • OPG112:E85K

OPG113

  • OPG113:V528I

OPG122

  • OPG122:H198Y

OPG132

  • OPG132:M357I

OPG145

  • OPG145:D29N

OPG172

  • OPG172:E56K

OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

OPG176

  • OPG176:Q22*

OPG180

  • OPG180:D442N

OPG185

  • OPG185:D68N

OPG188

  • OPG188:H120Y

OPG204

  • OPG204:E314K

OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
Deletions

OPG174

OPG174:288, OPG174:289
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue