PP_002YXUF.2

Guinea/Mpox-010_CERFIG/2025-06-13
Thibaut Armel Cherif Gnimadi, Abdoul Karim Soumah, Haby Diallo, Joel Balle Koivogui, Alpha Kabine Keita, Aissatou Bailo Diallo, Abdoulaye Toure & Alpha Kabinet Keita

Centre de recherche de formation en infectiologie de Guinee (CERFIG)

Sample details

Collection date
2025-06-13
Sample received date
2025-06-13
Sampling location
Guinea (Gbessia, Conakry)
City
Conakry
Site
CHU Donka / Dermatology Service
Isolate name
Mpox-010_CERFIG

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
G.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Sampling

Collection device
Swab
Collection method
Crust

Host

Host
Host health state
Conakry

Sequencing

Sequencing date
2025-06-20
Sequencing instrument
MinION
Sequencing protocol
Metagenomic dDNA Native Barcoding
Sequenced by - organization
Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guinée (CERFIG)
Sequenced by - contact name
Thibaut Armel Chérif GNIMADI
Sequenced by - contact email
armel.gnimadi@cerfig.org
Dehosting method
Minimap2
Reference genome accession
MT903338
Consensus sequence software name
Medaka
Consensus sequence software version
1.11.3
Depth of coverage
33

Submission details

Submission ID
hMpxV/Guinea/Mpox-010_CERFIG_M/2025
Submitting group
Date submitted
2025-07-03 13:05:36 UTC
Date released
2025-07-03 13:09:34 UTC
Earliest release date
2025-06-27

Alignment and QC

Length
197487 (99.8%)
# of SNPs
90
# of inserted bases
708
# of deleted bases
18
# of frame shifts
3
Frame shifts
OPG153:385-510(nt:136138-136516),OPG174:290-347(nt:148355-148528),OPG001_dup:205-247(nt:196247-196375)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • G275A
  • G285A
  • G289A
  • T292A
  • G393A
  • T432A
  • C1143A
  • C1413G
  • C4611T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6129T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
Deletions
609, 136517, 148529-148535, 163207-163214, 196617
Insertions
ins_283:AT, ins_4806:TAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACAACTTTTTTTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACT, ins_133102:TTT, ins_170904:T, ins_173317:ATATATATATATATATATATATATAT...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:D55H
  • OPG001:D145Y

OPG015

  • OPG015:D10N
  • OPG015:D18N

OPG021

  • OPG021:S196L

OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

OPG025

  • OPG025:D160N

OPG031

  • OPG031:D13N

OPG036

  • OPG036:S51F

OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

OPG044

  • OPG044:D17N

OPG047

  • OPG047:D187N

OPG049

  • OPG049:S95L

OPG053

  • OPG053:G38E

OPG060

  • OPG060:S107L

OPG083

  • OPG083:R341K

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG106

  • OPG106:R29K

OPG112

  • OPG112:E85K

OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG122

  • OPG122:H198Y

OPG132

  • OPG132:M357I

OPG133

  • OPG133:S616F

OPG136

  • OPG136:A327T

OPG145

  • OPG145:D29N

OPG150

  • OPG150:S43L

OPG172

  • OPG172:E56K

OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

OPG176

  • OPG176:Q22*

OPG180

  • OPG180:D442N

OPG185

  • OPG185:D68N

OPG188

  • OPG188:H120Y

OPG190

  • OPG190:P221S

OPG198

  • OPG198:E57K

OPG204

  • OPG204:E314K

OPG205

  • OPG205:R689C

OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
Deletions

OPG174

OPG174:288, OPG174:289
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue