PP_002YXTH.2

Display Name: Guinea/PP_002YXTH.2/2025-06-13
Thibaut Armel Cherif Gnimadi, Abdoul Karim Soumah, Haby Diallo, Joel Balle Koivogui, Alpha Kabine Keita, Aissatou Bailo Diallo, Abdoulaye Toure & Alpha Kabinet Keita

Submission details

Submission ID
hMpxV/Guinea/Mpox-010_CERFIG_C/2025
Submitting group
Date submitted
2025-07-03 13:05:05 UTC
Date released
2025-07-03 13:09:34 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-06-27 00:15armel.gnimadiOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Centre de recherche de formation en infectiologie de Guinee (CERFIG)

INSDC

BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
A.2.2
Outbreak
hMPXV-1

Sampling

Collection device
Swab
Collection method
Crust

Alignment and QC metrics

Completeness
97.93%
Frame shifts
OPG047:483(nt:29746-29748),OPG135:85-101(nt:116609-116660),OPG174:290-347(nt:148355-148528)
Length
200353
Total ambiguous nucs
3
Total deleted nucs
143
Total frame shifts
3
Total inserted nucs
3287
Total SNPs
79
Total stop codons
0
Total unknown nucs
4084

Sequencing

Depth of coverage
3042
Sequenced by - contact email
abdoul.soumah@cerfig.org
Sequenced by - contact name
Abdoul Karim Soumah
Sequenced by - organization
Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guinée (CERFIG)
Sequencing date
2025-06-20
Sequencing instrument
Illumina
Sequencing protocol
TWIST - Comprehensive Viral Research Panel

Sample details

Earliest release date
2025-06-27
Collection subdivision level 1
Conakry
Collection subdivision level 2
Gbessia
Collection city
Conakry
Collection country
Guinea
Collection site
CHU Donka / Dermatology Service
Collection date
2025-06-13
Collection date (lower bound)
2025-06-13
Collection date (upper bound)
2025-06-13
Sample received date
2025-06-13
Isolate name
Mpox-010_CERFIG

Host

Host health state
Conakry
Host name - scientific
Homo sapiens

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G4969A
  • C6105T
  • C6129T
  • A6457G
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
    • Deletions
    607-609, 133090-133102, 136540-136554, 146880-146886, 148529-148535, 150586-150593, 163193-163197, 169757-169774, 173282-173317, 174531-174542, 179068, 179069, 179235-179243, 189778-189781, 192403, 196615-196617
    Insertions
    ins_0:ATAATATTAATGTACTAAAACTTATGTATTATTAATTTATCTAACTAAAGTTAGTAAATTATATACATAATTTTATAATTAATTTA, ins_10447:NNNNNNATTAGATTAGATTAGA, ins_146039:NNNN, ins_6449:ATTCCACGAAAAAATGATGAAGGCAATCATTCATCATAAGATGATAAAAAGTGTAGTGAGTAAGAGTATTAGTGAGAGAGCATGAAGGAGATTTAGTATTTAGCAGTGAGGATATGATCCAAGAGGGTGAGATAGTCGTTCTCGTTCAGAATCTTTCGCAGCATAAGTAGTATGTCGATATACT, ins_197209:TAAATTAATTATAAAATTATGTATATAATTTACTAA...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D10N
  • OPG015:D18N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG031

  • OPG031:D13N

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG106

  • OPG106:R29K

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG136

  • OPG136:A327T

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:E57K

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG153:381-385, OPG174:288, OPG174:289, OPG197:30-35
    Insertions
    ins_OPG001:89:XXXXXX, ins_OPG047:483:X

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue