PP_002YRNZ.2

Display Name: Sierra_Leone/PP_002YRNZ.2/2025-06-02
Sandi, John D.; Parker, Edyth; Harding, Doris Harding; Kallom, Tiangay P.M.S; Ope-ewe, Oludayo Oluwaseyi; Kamara, Mohamed S.; Sijuwola, Ayotunde Elijah; Saibu, Femi; Specht, Ivan; Fofanah, Ibrahim U.; Eromon, Philomena Ehiaghe; Ozonoff, Al; Soumare, Harouna; Squire, James; Wilkason, Colby; Park, Danny; Levy, Josh; Baudi, Ian; Marrs, Libby; Cronan, Paul; Shin, Christopher; Varilly, Patrick; Nosamiefan, Dolo; Paye, Marietou; ...; Grant, Donald S.

Submission details

Submission ID
G-29178-1
Submitting group
Date submitted
2025-06-13 11:08:33 UTC
Date released
2025-06-13 11:09:02 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-06-12 16:06jsandiOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
National Public Health Agency (NPHA) Sierra Leone, Sierra Leone Ministry of Health, Kenema Government Hospital Sierra Leone, Institute of Genomics and Global Health Redeemer’s University Ede Osun State Nigeria, The Broad Institute of MIT and Harvard Cambridge MA USA, The Scripps Research Institute La Jolla CA 92037 USA, School of Community Health Sciences Njala University Sierra Leone, Fathom Information Design, Boston, MA, USA

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
A.2.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
98.56%
Frame shifts
OPG174:290-347(nt:148355-148528)
Length
197111
Total ambiguous nucs
3
Total deleted nucs
91
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
1
Total SNPs
77
Total stop codons
0
Total unknown nucs
2832

Sample details

Earliest release date
2025-06-12
Collection subdivision level 1
Bo
Collection country
Sierra Leone
Collection date
2025-06-02
Collection date (lower bound)
2025-06-02
Collection date (upper bound)
2025-06-02

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C4611T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
    • Deletions
    606-609, 136546-136554, 148529-148535, 163207-163214, 179181-179243
    Insertions
    ins_170904:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D18N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG031

  • OPG031:D13N

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG106

  • OPG106:R29K

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG136

  • OPG136:A327T

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:E57K

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG153:383-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue