PP_002Y7JR.1

Display Name: Cambodia/PP_002Y7JR.1/2024-02-02
Janin Nouhin, Daan Jansen, Pedro H. L. F. Dantas, Leakhena Pum, Limmey Khun, Kimlay Chea, Jurre Y. Siegers, Sophoannadedh Rath, Jolein Laumen, Giorgio Gonnella, Sovann Ly, Erik A. Karlsson & Koen Vercauteren

Sample details

Collection date
2024-02-02
Collection date (lower bound)
2024-02-02
Collection date (upper bound)
2024-02-02
Collection country
Cambodia

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-06-02 08:08djansenOPEN
2025-06-02 08:07djansenOPEN
2025-06-01 12:12djansenRESTRICTED until 2026-06-01
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
C.1

Sampling

Collection device
Swab

Host

Host name - scientific
Homo sapiens

Sequencing

Sequencing instrument
Oxford Nanopore GridION Mk1
Sequencing protocol
Genomes were generated through amplicon sequencing of 2500 bp amplicons with Welkers schema primers. Libraries were created and sequenced using Oxford Nanopore GridION Mk1 sequencing.

Alignment and QC metrics

Total stop codons
0
Length
186195
Total SNPs
71
Total inserted nucs
0
Total deleted nucs
0
Total ambiguous nucs
0
Total unknown nucs
2388
Total frame shifts
0
Completeness
93.20%

Submission details

Submission ID
NPHLMPX240020_C
Submitting group
Date submitted
2025-06-01 12:12:35 UTC
Date released
2025-06-01 12:13:17 UTC
Earliest release date
2025-06-01

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G21723A
  • C23564T
  • C25644T
  • G25661A
  • T28175C
  • G29650A
  • G30367A
  • G31053A
  • C33332T
  • G34459A
  • G37202A
  • G37974A
  • G38360A
  • C38662T
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG046

  • OPG046:T27I

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG050

  • OPG050:R26Q

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K
  • OPG056:S354L

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:R665C

    • OPG080

  • OPG080:Y484N

    • OPG090

  • OPG090:E38K

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG116

  • OPG116:D47N

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue