PP_0010HZH.1

USA/PP_0010HZH.1/2024-10-03
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

Sample details

Collection date
2024-10-03
Sampling location
USA
Isolate name
CA-LACPHL-MA00708

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.1

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-11-01
NCBI update date
2024-11-01

Host

Host

Submission details

Submission ID
PQ553617.1
Submitting group
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 19:05:28 UTC
Earliest release date
2024-11-01

Alignment and QC

Length
193823 (97.3%)
# of SNPs
94
# of inserted bases
52
# of deleted bases
110
# of unknown bases
2017
# of frame shifts
1
# of stop codons
1
Frame shifts
OPG080:247-772(nt:59703-61280)
Stop Codons
OPG195:139

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • G5052A
  • C7771T
  • G11668A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G19834A
  • C20453T
  • G20669A
  • G21723A
  • G23100A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
Deletions

61281, 133177-133186, 179145-179243
Insertions

ins_133108:NNN, ins_136554:ATC, ins_174061:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG034

  • OPG034:P58S

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG060

  • OPG060:R120C

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG085

  • OPG085:V156I

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:D105N
  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG111

  • OPG111:R206Q

OPG117

  • OPG117:S297L

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG132

  • OPG132:S224L

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG195

  • OPG195:Q139*

OPG208

  • OPG208:P69S

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions

OPG153

ins_OPG153:385:D

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue