PP_0010GN6.1

USA/PP_0010GN6.1/2024-09-24
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

Sample details

Collection date
2024-09-24
Sampling location
USA
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00703/2024

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.6

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-10-18
NCBI update date
2024-10-18

Host

Host

Submission details

Submission ID
PQ479557.1
Submitting group
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 19:04:58 UTC
Earliest release date
2024-10-18

Alignment and QC

Length
194005 (96.8%)
# of SNPs
84
# of inserted bases
51
# of deleted bases
115
# of ambiguous bases
2
# of unknown bases
3247

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C18901T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
  • G37202A
  • G38360A
Deletions

133177-133186, 163900-163905, 179146-179244
Insertions

ins_133104:NNN, ins_133281:GC, ins_173392:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG065

  • OPG065:R28C

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:L112F

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG107

  • OPG107:S7L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG123

  • OPG123:R471C

OPG126

  • OPG126:A22T

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG170

  • OPG170:S30F

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG185

  • OPG185:S231F

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG199

  • OPG199:E172K

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG189

OPG189:190, OPG189:191
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue