PP_000VLU0.2

Germany/PP_000VLU0.2/2022-06
A. Brinkmann, C. Kohl, K. Pape, D. Bourquain, A. Thurmer, J. Michel, L. Schaade & A. Nitsche

Robert Koch Institute, Centre for Biological Threats, Highly Pathogenic Viruses

Sample details

Collection date
2022-06
Sampling location
Germany
Isolate name
MPXV/Germany/2022/RKI337

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
B.1.5

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2022-10-21
NCBI update date
2022-10-21
Raw reads accession

Host

Host

Submission details

Submission ID
OP696840.1
Submitting group
Date submitted
2025-02-03 15:01:44 UTC
Date released
2025-02-03 15:10:29 UTC
Earliest release date
2022-10-21

Alignment and QC

Length
185499 (100%)
# of SNPs
1288
# of inserted bases
159
# of deleted bases
11869
# of unknown bases
82
# of frame shifts
71
# of stop codons
6
Frame shifts
OPG204:19-21(nt:174585-174594),OPG204:30-32(nt:174618-174625),OPG204:41-42(nt:174650-174657),OPG204:112-115(nt:174863-174876),OPG204:129-149(nt:174914-174978),OPG204:185-190(nt:175083-175100),OPG204:223-230(nt:175196-175221),OPG204:245-257(nt:175263-175302),OPG204:262-321(nt:175315-175494),OPG205:10-36(nt:175683-175763),OPG205:48-56(nt:175795-175821),OPG205:101-153(nt:175955-176114),...
Stop Codons
OPG023:268,OPG205:415,OPG210:355,OPG210:916,OPG210:924,OPG210:1188

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G12099A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G21723A
  • C23564T
  • C25644T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
Deletions

607-609, 133177-133186, 173741-173761, 173773-173781, 173793-173796, 173804, 173805, 173814-173841, 173864-173870, 173886-173893, 173901, 173902, 173907-173917, 173922-173926, 173934-173951, 173975, 173976, 173988, 173998-174001, 174010-174012, 174023, 174041-174046, 174057-174060, 174077, 174078, 174085-174095, 174101-174123, 174138, 174144-174164, 174180-174182, 174189-174236,...
Insertions

ins_4806:TAACTAACTTATGACTTAACTAACTTATGACT, ins_16622:ATC, ins_133102:TT, ins_173317:ATATATATATATATAT, ins_173955:A, ins_174017:ACAAGGCT, ins_174036:TCT, ins_174432:G, ins_174523:T, ins_174876:T, ins_176793:TCTC, ins_176952:T, ins_178551:AATTTAC, ins_178954:CG, ins_180000:GC, ins_180300:CT, ins_180479:GC, ins_180871:AG, ins_181105:CAAC, ins_182443:T, ins_182993:AG, ins_183053:A,...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG005

  • OPG005:K124N
  • OPG005:Y125D

OPG023

  • OPG023:R268*

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG190

  • OPG190:P221S

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG204

  • OPG204:K44T
  • OPG204:D45S
  • OPG204:V52I
  • OPG204:K86N

OPG205

  • OPG205:D4N
  • OPG205:T5P
  • OPG205:C41G
  • OPG205:G64V
  • OPG205:R295A
  • OPG205:N341S
  • OPG205:L402T
  • OPG205:K404S
  • OPG205:F405L
  • OPG205:R415*
  • OPG205:Y416D

OPG208

  • OPG208:K97D

OPG209

  • OPG209:M1I

OPG210

  • OPG210:I319V
  • OPG210:N334V
  • OPG210:V352N
  • OPG210:N355*
  • OPG210:I356T
  • OPG210:T357Y
  • OPG210:L358P
  • OPG210:T359F
  • OPG210:N360H
  • OPG210:H363D
  • OPG210:L522M
  • OPG210:N524V
  • OPG210:D564F
  • OPG210:S565G
  • OPG210:M831Y
  • OPG210:L832G
  • OPG210:P916*
  • OPG210:V917L
Deletions

OPG005

OPG005:29-122

OPG204

OPG204:22-29, OPG204:33-40, OPG204:43, OPG204:56-84, OPG204:89-111, OPG204:116-128, OPG204:150-167, OPG204:179-184, OPG204:191-209, OPG204:211-222, OPG204:231-242, OPG204:244, OPG204:258-261, OPG204:322-340, OPG204:343-351

OPG205

OPG205:6-9, OPG205:37, OPG205:38, OPG205:43-47, OPG205:57-63, OPG205:66-100, OPG205:154-165, OPG205:285-293, OPG205:297-301, OPG205:333, OPG205:334, OPG205:344, OPG205:381-387, OPG205:395-400, OPG205:427, OPG205:436-438, OPG205:490-508, OPG205:516-540, OPG205:556-564, OPG205:570-587, OPG205:596-677

OPG208

OPG208:2-12, OPG208:20-95, OPG208:126, OPG208:127, OPG208:162-170, OPG208:173-188, OPG208:219-234, OPG208:282-300, OPG208:307-317, OPG208:332-342, OPG208:346, OPG208:347

OPG209

OPG209:2-7, OPG209:42-49, OPG209:54-110, OPG209:114-118

OPG210

OPG210:97-136, OPG210:140-162, OPG210:204-212, OPG210:289-317, OPG210:321-327, OPG210:330, OPG210:331, OPG210:337, OPG210:343-350, OPG210:371-399, OPG210:419-430, OPG210:434-442, OPG210:498-520, OPG210:527, OPG210:528, OPG210:530-544, OPG210:556-561, OPG210:583-608, OPG210:620-674, OPG210:684-700, OPG210:704-725, OPG210:795-821, OPG210:872, OPG210:874-909, OPG210:912-914,...
Insertions

OPG029

ins_OPG029:154:D

OPG204

ins_OPG204:172:QELNEMKKIMVGGNTMFSLIFTEHGAKX, ins_OPG204:234:ISDAI

OPG205

ins_OPG205:12:WVCS

OPG208

ins_OPG208:30:DRIEFHIRD*TVK

OPG210

ins_OPG210:194:VECV

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue