PP_000VLT2.1

Display Name: Germany/PP_000VLT2.1/2022-06
A. Brinkmann, C. Kohl, K. Pape, D. Bourquain, A. Thurmer, J. Michel, L. Schaade & A. Nitsche

Sample details

Collection date
2022-06
Country
Germany
Isolate name
MPXV/Germany/2022/RKI336

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
B.1

Authors

Author affiliations
Robert Koch Institute, Centre for Biological Threats, Highly Pathogenic Viruses

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2022-10-21
NCBI update date
2022-10-21

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
185851
Completeness
100.00%
# of SNPs
938
# of inserted bases
61
# of deleted bases
11419
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
1
# of frame shifts
57
# of stop codons
1
Frame shifts
OPG204:297-350(nt:175418-175581),OPG205:18-20(nt:175707-175715),OPG205:51-52(nt:175804-175811),OPG205:66-78(nt:175849-175889),OPG205:83-88(nt:175902-175919),OPG205:100-107(nt:175951-175976),OPG205:138-140(nt:176067-176073),OPG205:160-162(nt:176133-176141),OPG205:177(nt:176183-176186),OPG205:239-241(nt:176370-176378),OPG205:268-285(nt:176457-176510),OPG205:312-315(nt:176587-176600),...
Stop Codons
OPG210:847

Submission details

Submission ID
OP696839.1
Submitting group
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 18:56:19 UTC
Earliest release date
2022-10-21

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1087A
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34319A
  • G34459A
    • Deletions
    607-609, 133177-133186, 175390-175413, 175417, 175423-175435, 175459-175543, 175554-175577, 175582-175585, 175593-175607, 175621-175631, 175639-175651, 175658-175706, 175716-175795, 175803, 175812-175822, 175829-175848, 175863-175870, 175890-175894, 175901, 175920-175923, 175941-175950, 175958, 175966-175970, 175995-176051, 176065, 176066, 176074-176095, 176114-176132, 176142-176164,...
    Insertions
    ins_133102:TT, ins_150585:G, ins_173317:ATATATATATATATAT, ins_175450:T, ins_175909:GC, ins_175976:AGGA, ins_177766:C, ins_178025:TA, ins_178307:TA, ins_178876:G, ins_179083:C, ins_179177:C, ins_180385:G, ins_180504:G, ins_180646:AA, ins_183404:A, ins_183412:CCTGTC, ins_184687:GGTAGTT, ins_184934:G, ins_185684:CT, ins_187107:T, ins_187300:A, ins_188815:T, ins_189274:A, ins_190002:G, ins_190392:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG005

  • OPG005:K124N
  • OPG005:Y125D

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG204

  • OPG204:E287I

    • OPG205

  • OPG205:V121S
  • OPG205:Y123A
  • OPG205:D124P
  • OPG205:I125V
  • OPG205:K126S
  • OPG205:K128R
  • OPG205:D149I
  • OPG205:Y150L
  • OPG205:D208N
  • OPG205:V209R
  • OPG205:D210F
  • OPG205:T219P
  • OPG205:N220H
  • OPG205:D221S
  • OPG205:V222F
  • OPG205:T224L
  • OPG205:Q225L
  • OPG205:E232Y

    • OPG208

  • OPG208:K57M
  • OPG208:N193R
  • OPG208:N229H
  • OPG208:I230V

    • OPG209

  • OPG209:T2M
  • OPG209:K166D
  • OPG209:T167C

    • OPG210

  • OPG210:K57N
  • OPG210:E60K
  • OPG210:Y703T
  • OPG210:S840I
  • OPG210:Q842D
  • OPG210:R844S
  • OPG210:S845Y
  • OPG210:T847*
  • OPG210:L848Y
  • OPG210:S1213H
  • OPG210:F1214R
  • OPG210:L1216N
  • OPG210:E1462I
    • Deletions
    OPG005:29-122, OPG204:296, OPG205:2-17, OPG205:21-47, OPG205:50, OPG205:53-65, OPG205:79-82, OPG205:89-99, OPG205:108-118, OPG205:132-137, OPG205:141-147, OPG205:152-159, OPG205:163-170, OPG205:172-176, OPG205:178-201, OPG205:234-238, OPG205:242-267, OPG205:286-290, OPG205:293-311, OPG205:316-330, OPG205:367-373, OPG205:376-391, OPG205:398-440, OPG205:444-455, OPG205:482-491,...
    Insertions
    ins_OPG205:351:D*TITSVIQ, ins_OPG210:1044:KNITQPYLV*VV

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue