PP_000VLS4.1

Display Name: Germany/PP_000VLS4.1/2022-06
A. Brinkmann, C. Kohl, K. Pape, D. Bourquain, A. Thurmer, J. Michel, L. Schaade & A. Nitsche

Sample details

Collection date
2022-06
Country
Germany
Isolate name
MPXV/Germany/2022/RKI335

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
B.1.2

Authors

Author affiliations
Robert Koch Institute, Centre for Biological Threats, Highly Pathogenic Viruses

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2022-10-21
NCBI update date
2022-10-21

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
191167
Completeness
100.00%
# of SNPs
738
# of inserted bases
79
# of deleted bases
6121
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
2
# of frame shifts
37
# of stop codons
1
Frame shifts
OPG210:181-183(nt:181895-181903),OPG210:213-215(nt:181992-182000),OPG210:226-238(nt:182030-182069),OPG210:245-266(nt:182086-182151),OPG210:284-296(nt:182204-182243),OPG210:326-342(nt:182329-182381),OPG210:366-367(nt:182450-182454),OPG210:496-499(nt:182840-182850),OPG210:548-571(nt:182995-183068),OPG210:607-609(nt:183173-183182),OPG210:643-646(nt:183281-183293),...
Stop Codons
OPG210:192

Submission details

Submission ID
OP696838.1
Submitting group
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 18:55:48 UTC
Earliest release date
2022-10-21

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
  • G37202A
  • G38360A
    • Deletions
    607-609, 133177-133186, 179172-179243, 181904-181920, 181949-181991, 182001, 182002, 182025-182029, 182058-182063, 182070, 182076-182085, 182109-182139, 182152-182170, 182199-182203, 182229-182239, 182244-182263, 182268-182303, 182325-182328, 182337-182339, 182346-182358, 182364-182366, 182382-182428, 182432-182434, 182443-182449, 182455-182486, 182499-182522, 182529-182558,...
    Insertions
    ins_133102:TT, ins_173317:ATATATATATATATAT, ins_181894:TC, ins_181941:ATT, ins_182183:ACGACA, ins_182375:G, ins_183293:G, ins_183521:TC, ins_183677:C, ins_184060:T, ins_185406:C, ins_186196:TCCC, ins_187134:A, ins_187509:C, ins_187654:T, ins_187764:C, ins_187771:A, ins_187777:C, ins_188025:GT, ins_188518:TAAAAAA, ins_188568:ACG, ins_188583:G, ins_188980:CAGTG, ins_189019:CT,...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N
  • OPG093:S211L

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG133

  • OPG133:D653N

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:I190R
  • OPG210:H192*
  • OPG210:K193L
  • OPG210:N194I
  • OPG210:E221Y
  • OPG210:S278T
  • OPG210:N280K
  • OPG210:M421Y
  • OPG210:D422Q
  • OPG210:M423K
  • OPG210:K424N
  • OPG210:L425T
  • OPG210:S437T
  • OPG210:F446N
  • OPG210:G456R
  • OPG210:K805I
  • OPG210:H806K
  • OPG210:K808D
    • Deletions
    OPG005:54-86, OPG005:95-109, OPG005:113-115, OPG005:142-149, OPG210:184-189, OPG210:199-212, OPG210:216, OPG210:224, OPG210:225, OPG210:239-244, OPG210:267-272, OPG210:282, OPG210:283, OPG210:297-309, OPG210:313-325, OPG210:343-365, OPG210:368-389, OPG210:398-412, OPG210:458-495, OPG210:500-547, OPG210:572-606, OPG210:610-642, OPG210:647-653, OPG210:665-675, OPG210:706-722,...
    Insertions
    ins_OPG005:104:TP, ins_OPG210:184:VIHQNCNSF, ins_OPG210:222:YTTTLS, ins_OPG210:391:IRNDIRELFKHVTDSEX, ins_OPG210:792:TDC

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue