PP_000TGTA.2

Spain/PP_000TGTA.2/2022-06-06
B. de la Hoz-Sanchez, M. Lopez-Ortiz, A. Gutierrez-Arroyo, P. Roces-Alvarez, F. Lazaro-Peona, E. Dahdouh, I. Bloise, J. Garcia-Rodriguez & J. Mingorance

Hospital Universitario La Paz, Microbiology

Sample details

Collection date
2022-06-06
Sampling location
Spain (Madrid)
Isolate name
8887

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
B.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2022-06-24
NCBI update date
2022-06-24
Raw reads accession

Host

Host

Submission details

Submission ID
ON838939.1
Submitting group
Date submitted
2025-02-03 15:01:44 UTC
Date released
2025-02-03 15:05:57 UTC
Earliest release date
2022-06-24

Alignment and QC

Length
197185 (100%)
# of SNPs
69
# of inserted bases
27
# of deleted bases
51

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
  • G37202A
  • G38360A
Deletions

607-609, 133177-133186, 150586-150602, 179194-179211, 196615-196617
Insertions

ins_133102:TTT, ins_173317:ATAT, ins_197209:ATAATATTAATGTACTAAAA

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG111

  • OPG111:D192N

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue