PP_000T8NU.1

USA/PP_000T8NU.1
S. Hunt, N. Shashan, L. Tallon, L. Sadzewicz, K. Vavikolanu, A. Mehta, J. Aluvathingal, S. Nadendla, T. Myers, Y. Yan & H. Sichtig

US Food and Drug Administration, Center for Devices and Radiological Health

Sample details

Sampling location
USA (MD)
Isolate name
WRAIR 7-61

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
II
Outbreak
None
Lineage
None

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2022-07-30
NCBI update date
2022-07-30

Host

Host

Submission details

Submission ID
OK573110.1
Submitting group
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 18:50:13 UTC
Earliest release date
2022-07-30

Alignment and QC

Length
7220 (3.81%)
# of SNPs
1053
# of inserted bases
561
# of deleted bases
859
# of frame shifts
60
# of stop codons
6
Frame shifts
OPG153:2-20(nt:137609-137664),OPG153:25-42(nt:137543-137595),OPG153:49-61(nt:137485-137525),OPG153:66-70(nt:137458-137472),OPG153:81-84(nt:137418-137427),OPG153:103-118(nt:137316-137362),OPG153:141-146(nt:137230-137248),OPG154:5-19(nt:137994-138039),OPG154:31-37(nt:137940-137960),OPG154:43-51(nt:137899-137926),OPG154:61-64(nt:137860-137872),OPG154:67-68(nt:137847-137852),...
Stop Codons
OPG156:68,OPG156:78,OPG156:195,OPG156:266,OPG156:271,OPG157:74

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • A137231G
  • C137235G
  • A137238G
  • A137239G
  • C137241T
  • T137243A
  • A137244G
  • A137246T
  • G137255A
  • A137257G
  • C137258T
  • C137259G
  • A137260T
  • C137262G
  • A137266G
  • T137267A
  • T137268A
  • A137275T
Deletions

137195-137229, 137249, 137271-137273, 137314, 137315, 137363-137370, 137400-137405, 137414-137417, 137473-137476, 137494-137499, 137504-137508, 137526, 137527, 137536-137542, 137563-137577, 137631-137648, 137665, 137676, 137734, 137735, 137756-137765, 137796-137798, 137811, 137812, 137846, 137853, 137854, 137859, 137873-137877, 137894-137898, 137907-137912, 137927, 137961-137968,...
Insertions

ins_137301:TGGTGTCTG, ins_137328:CTGCTTTCC, ins_137352:GGCA, ins_137382:TAGACGTGGAAGAGGAAC, ins_137427:T, ins_137433:AAT, ins_137457:TGCT, ins_137484:AACAGAG, ins_137595:G, ins_137608:TACT, ins_137697:TGTTCCTTGATAGGTAGAG, ins_137715:TTTTGTAG, ins_137744:CA, ins_137806:GAAGACAT, ins_137826:AATAGGATA, ins_137834:CGTCGATAGTTATAATGGA, ins_137939:CG, ins_137982:AGTATGTCG, ins_137993:TGTTA,...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG153

  • OPG153:R46V
  • OPG153:K47V
  • OPG153:P64L
  • OPG153:S72N
  • OPG153:P73L
  • OPG153:L74I
  • OPG153:A76R
  • OPG153:P77I
  • OPG153:Q79I
  • OPG153:W80I
  • OPG153:L87I
  • OPG153:G119H
  • OPG153:Y121H
  • OPG153:L123P

OPG154

  • OPG154:M1K
  • OPG154:D2G
  • OPG154:G3P
  • OPG154:P28S
  • OPG154:G40L
  • OPG154:L54W
  • OPG154:E55Y
  • OPG154:K56S
  • OPG154:K57I
  • OPG154:D101H
  • OPG154:Y109F
  • OPG154:E110D
  • OPG154:*111S

OPG155

  • OPG155:M1N
  • OPG155:H40N
  • OPG155:T116V
  • OPG155:F117G
  • OPG155:S118G
  • OPG155:D119C
  • OPG155:P132V
  • OPG155:N133I
  • OPG155:K143V

OPG156

  • OPG156:M1R
  • OPG156:Q2R
  • OPG156:H3Q
  • OPG156:P4W
  • OPG156:R5M
  • OPG156:E6D
  • OPG156:E7Y
  • OPG156:H68*
  • OPG156:H70I
  • OPG156:G78*
  • OPG156:F79Y
  • OPG156:L80V
  • OPG156:D91G
  • OPG156:Y93N
  • OPG156:P117I
  • OPG156:T118K
  • OPG156:P192N
  • OPG156:K195*

OPG157

  • OPG157:M1K
  • OPG157:E2V
  • OPG157:D3N
  • OPG157:L4I
  • OPG157:E6H
  • OPG157:A7F
  • OPG157:N8I
  • OPG157:F9Y
  • OPG157:I14M
  • OPG157:N15F
  • OPG157:H62L
  • OPG157:P63H
  • OPG157:V64F
  • OPG157:H66Y
  • OPG157:H67Q
  • OPG157:A68T
  • OPG157:S70M
  • OPG157:T71D
  • OPG157:R73L
  • OPG157:E74*

OPG158

  • OPG158:M1R
  • OPG158:L2I
  • OPG158:K3L

OPG159

  • OPG159:T14L
  • OPG159:S15I
  • OPG159:L95R
  • OPG159:L104R
  • OPG159:N105L
  • OPG159:K111C
  • OPG159:V112R
  • OPG159:N113I
  • OPG159:N132Q
  • OPG159:C133T

OPG160

  • OPG160:V73Q
  • OPG160:P84G
  • OPG160:V85L
  • OPG160:D91Q
  • OPG160:S103E
  • OPG160:S104D
  • OPG160:C246L
  • OPG160:T247L
  • OPG160:D248G
  • OPG160:T249K
  • OPG160:A250F
  • OPG160:D251K

OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

OPG163

  • OPG163:V46I

OPG164

  • OPG164:Y217H

OPG167

  • OPG167:G234C
Deletions

OPG153

OPG153:43, OPG153:44, OPG153:48, OPG153:62, OPG153:65, OPG153:85, OPG153:100-102, OPG153:131-140

OPG154

OPG154:29, OPG154:30, OPG154:42, OPG154:52, OPG154:53, OPG154:59, OPG154:60, OPG154:69, OPG154:96-99, OPG154:106

OPG155

OPG155:10-13, OPG155:31, OPG155:102-105, OPG155:107-111, OPG155:140-142

OPG156

OPG156:12-34, OPG156:41-56, OPG156:66, OPG156:94, OPG156:119-127, OPG156:190, OPG156:191, OPG156:198, OPG156:221, OPG156:235-238

OPG157

OPG157:58-61

OPG158

OPG158:5-9

OPG159

OPG159:6, OPG159:7, OPG159:29-45, OPG159:58-60, OPG159:77, OPG159:78, OPG159:85, OPG159:86, OPG159:93, OPG159:97, OPG159:106, OPG159:115, OPG159:134

OPG160

OPG160:10-12, OPG160:15-25, OPG160:72, OPG160:75-78, OPG160:87-89, OPG160:96, OPG160:126, OPG160:127, OPG160:170-172, OPG160:186, OPG160:187, OPG160:257-262, OPG160:265-270
Insertions

OPG153

ins_OPG153:32:C, ins_OPG153:88:*Q*FLVPLPRLLARG, ins_OPG153:111:VQTP**FPTQ

OPG154

ins_OPG154:4:TIL, ins_OPG154:19:TNDILYVNN

OPG155

ins_OPG155:40:FIANNDCRYYID, ins_OPG155:121:SIDNDVNDK

OPG156

ins_OPG156:10:EM***FFIIK, ins_OPG156:82:*AIRDDAXX, ins_OPG156:104:YL*EKDT, ins_OPG156:208:R*CCWKHAAN, ins_OPG156:261:NQYL*QVKSVHCRTQ

OPG159

ins_OPG159:15:AKVAFLHVGI, ins_OPG159:80:IEIIIX, ins_OPG159:108:NSFFV

OPG160

ins_OPG160:59:ANEAAITDSAVAVAA, ins_OPG160:92:SC, ins_OPG160:107:NCAAXXXTLPNKSDV, ins_OPG160:114:YVEDTWGSDGNPITK, ins_OPG160:134:*INEIA, ins_OPG160:242:*Y*TSESIV*YF

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue