PP_000T8J2.1

USA/PP_000T8J2.1
S. Hunt, N. Shashan, L. Tallon, L. Sadzewicz, K. Vavikolanu, A. Mehta, J. Aluvathingal, S. Nadendla, T. Myers, Y. Yan & H. Sichtig

US Food and Drug Administration, Center for Devices and Radiological Health

Sample details

Sampling location
USA (MD)
Isolate name
WRAIR 7-61

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIa
Outbreak
None
Lineage
None

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2022-07-30
NCBI update date
2022-07-30

Host

Host

Submission details

Submission ID
OK573106.1
Submitting group
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 18:50:44 UTC
Earliest release date
2022-07-30

Alignment and QC

Length
15059 (8.15%)
# of SNPs
2064
# of inserted bases
1345
# of deleted bases
2361
# of frame shifts
98
# of stop codons
10
Frame shifts
OPG105:260-332(nt:81902-82121),OPG105:341-342(nt:82146-82151),OPG105:352-425(nt:82177-82399),OPG105:444-455(nt:82453-82490),OPG105:485-500(nt:82577-82624),OPG105:505-507(nt:82637-82645),OPG105:512-513(nt:82659-82664),OPG105:516-523(nt:82671-82694),OPG105:533-536(nt:82720-82732),OPG105:544-571(nt:82754-82838),OPG105:592-597(nt:82899-82915),OPG105:602-607(nt:82929-82945),...
Stop Codons
OPG105:222,OPG105:574,OPG105:957,OPG105:1071,OPG105:1095,OPG106:139,OPG106:143,OPG106:166,OPG108:300,OPG109:693

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • A81860T
  • A81862T
  • A81863G
  • A81865T
  • C81866T
  • T81869G
  • T81872C
  • T81874G
  • T81875A
  • A81876G
  • A81877T
  • A81882C
  • T81883G
  • T81884C
  • C81886T
  • T81887G
  • A81892T
  • C81893T
Deletions

81897-81901, 81918-81934, 81957-81968, 81975-82007, 82011, 82040, 82046, 82047, 82071-82073, 82191-82198, 82215-82223, 82266-82278, 82296-82304, 82327, 82328, 82341-82344, 82347-82352, 82446-82452, 82461-82467, 82479-82483, 82575, 82576, 82602-82605, 82625-82631, 82635, 82636, 82686-82690, 82695, 82696, 82704-82719, 82733-82737, 82744-82753, 82797, 82839, 82840, 82847-82852,...
Insertions

ins_81911:ATG, ins_82021:ATTTCCA, ins_82062:TTAAT, ins_82086:ATT, ins_82106:T, ins_82121:GGAA, ins_82136:AACTATGTGGATTACCAG, ins_82145:TT, ins_82151:G, ins_82176:C, ins_82244:ATG, ins_82399:ACTTATCA, ins_82490:A, ins_82505:TATCGT, ins_82556:CTACAACCC, ins_82593:A, ins_82645:CTAATAGT, ins_82658:CT, ins_82664:G, ins_82670:TAGTGGTATA, ins_82777:TCT, ins_82804:T, ins_82856:CCTCGA,...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG105

  • OPG105:E77V
  • OPG105:I79E
  • OPG105:S80D
  • OPG105:E81R
  • OPG105:I82V
  • OPG105:V160I
  • OPG105:L220Q
  • OPG105:T221F
  • OPG105:Y222*
  • OPG105:L224Y
  • OPG105:Q333Y
  • OPG105:K335D
  • OPG105:F336Y
  • OPG105:Y337Q
  • OPG105:N339C
  • OPG105:Q427L
  • OPG105:K430P
  • OPG105:A431I

OPG106

  • OPG106:Y7N
  • OPG106:V114Y
  • OPG106:Y137T
  • OPG106:F138K
  • OPG106:L139*
  • OPG106:Y140K
  • OPG106:H143*
  • OPG106:K165H
  • OPG106:Y166*

OPG107

  • OPG107:L6F
  • OPG107:V8R
  • OPG107:N9S
  • OPG107:C11P

OPG108

  • OPG108:D145Q
  • OPG108:I296A
  • OPG108:M300*
  • OPG108:F301I
  • OPG108:M302I
  • OPG108:L303S
  • OPG108:W313Y
  • OPG108:F314L

OPG109

  • OPG109:K4V
  • OPG109:N38K
  • OPG109:K101D
  • OPG109:T103P
  • OPG109:T104A
  • OPG109:G241L
  • OPG109:H252S
  • OPG109:I346G
  • OPG109:I372K
  • OPG109:S673N
  • OPG109:Y692R
  • OPG109:I693*
  • OPG109:M715K
  • OPG109:P716V
  • OPG109:F717S
  • OPG109:E718K
  • OPG109:E719L
  • OPG109:I722R

OPG110

  • OPG110:V80I
  • OPG110:A135T

OPG111

  • OPG111:S194N

OPG113

  • OPG113:A3T

OPG116

  • OPG116:D18E
Deletions

OPG105

OPG105:86-158, OPG105:225-259, OPG105:435-443, OPG105:456-484, OPG105:501-504, OPG105:508, OPG105:509, OPG105:524, OPG105:527-532, OPG105:537, OPG105:538, OPG105:541-543, OPG105:572, OPG105:608, OPG105:609, OPG105:645, OPG105:646, OPG105:649-651, OPG105:668, OPG105:729-731, OPG105:748, OPG105:749, OPG105:763, OPG105:767-770, OPG105:790-794, OPG105:798, OPG105:799, OPG105:850,...

OPG106

OPG106:2, OPG106:105, OPG106:106, OPG106:115-118, OPG106:132, OPG106:133, OPG106:145-149

OPG107

OPG107:12-22, OPG107:27-40, OPG107:57-59, OPG107:82-96, OPG107:110, OPG107:137-142, OPG107:145, OPG107:146, OPG107:186, OPG107:187

OPG108

OPG108:24-28, OPG108:79, OPG108:97-99, OPG108:157-159, OPG108:215, OPG108:310, OPG108:318

OPG109

OPG109:40-43, OPG109:60-67, OPG109:131, OPG109:132, OPG109:172-174, OPG109:178, OPG109:179, OPG109:240, OPG109:244, OPG109:249, OPG109:265-272, OPG109:292-306, OPG109:316-325, OPG109:339-345, OPG109:352-354, OPG109:359-361, OPG109:376-379, OPG109:393-398, OPG109:402, OPG109:403, OPG109:411, OPG109:412, OPG109:416, OPG109:417, OPG109:448, OPG109:460-465, OPG109:472-482, OPG109:498-500,...

OPG117

OPG117:387-402
Insertions

OPG105

ins_OPG105:343:HHFPTIVDAX, ins_OPG105:538:*CRNLDFS*YLQPEE, ins_OPG105:648:*KF*L, ins_OPG105:654:P*DFRIVYIL, ins_OPG105:699:HPFRTQVKISLXX**INP*A, ins_OPG105:750:VLPKQ*, ins_OPG105:923:RR*, ins_OPG105:959:YS, ins_OPG105:1100:RIKIHMYLESQY, ins_OPG105:1155:L, ins_OPG105:1202:VYIESPS

OPG106

ins_OPG106:4:XN*NQVLQI*LH, ins_OPG106:103:SGI*SINNVYS

OPG107

ins_OPG107:0:FPLAIASASGSVATNNAI, ins_OPG107:45:ESSKNV

OPG108

ins_OPG108:58:DLVLNLKVLYYT, ins_OPG108:98:YLWLLQR, ins_OPG108:146:GCIVILHILVILLDIQLRE, ins_OPG108:186:MLNLN, ins_OPG108:208:VK, ins_OPG108:306:NILIHIMKW

OPG109

ins_OPG109:4:AAV, ins_OPG109:36:VATDNIVKDL, ins_OPG109:71:FTSMTKAIT, ins_OPG109:73:SDLVTEGKSKV, ins_OPG109:83:*MRALFY, ins_OPG109:126:WEEX, ins_OPG109:178:IKKSST, ins_OPG109:216:NK, ins_OPG109:238:FVVHKS, ins_OPG109:350:DLRTYGV, ins_OPG109:422:DKNFLDVV, ins_OPG109:444:VDHVKSSTDG***IFT, ins_OPG109:530:GWS, ins_OPG109:543:SIFGSDPHSDIWK*MQDS, ins_OPG109:673:RGLP, ins_OPG109:731:M*KMYSW*ML

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue