PP_000T8H4.2

USA/PP_000T8H4.2
S. Hunt, N. Shashan, L. Tallon, L. Sadzewicz, K. Vavikolanu, A. Mehta, J. Aluvathingal, S. Nadendla, T. Myers, Y. Yan & H. Sichtig

US Food and Drug Administration, Center for Devices and Radiological Health

Sample details

Sampling location
USA (MD)
Isolate name
WRAIR 7-61

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIa
Outbreak
None
Lineage
None

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2022-07-30
NCBI update date
2022-07-30
Raw reads accession

Host

Host

Submission details

Submission ID
OK573105.1
Submitting group
Date submitted
2025-02-03 15:01:44 UTC
Date released
2025-02-03 15:03:56 UTC
Earliest release date
2022-07-30

Alignment and QC

Length
18881 (31.3%)
# of SNPs
2695
# of inserted bases
1457
# of deleted bases
44356
# of frame shifts
126
# of stop codons
11
Frame shifts
OPG157:7-15(nt:139566-139590),OPG157:20-22(nt:139543-139552),OPG157:28-52(nt:139453-139527),OPG157:58-79(nt:139372-139439),OPG158:8-13(nt:139732-139749),OPG158:31-36(nt:139662-139679),OPG158:39-43(nt:139641-139655),OPG159:4-6(nt:139775-139785),OPG159:11-39(nt:139796-139882),OPG159:45-49(nt:139900-139914),OPG159:59-80(nt:139941-140005),OPG159:86-102(nt:140021-140072),...
Stop Codons
OPG162:65,OPG164:158,OPG165:171,OPG165:172,OPG165:173,OPG165:174,OPG166:53,OPG166:56,OPG167:215,OPG174:70,OPG175:116

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T130846C
  • A131548G
  • A132719C
  • T133087C
  • T133145C
  • A133201G
  • C133539T
  • G133682A
  • T133733C
  • T133966C
  • A134884G
  • A135706G
  • G136446A
  • A136498G
  • A136604G
  • T136641C
  • A136687G
  • A136870G
Deletions

132813, 133091-133102, 133115, 133177-133186, 133521, 136543-136572, 139495-139500, 139548, 139599-139615, 139636-139639, 139698-139703, 139730, 139731, 139750, 139751, 139794, 139795, 139811, 139812, 139837-139840, 139864-139869, 139892-139899, 139937-139940, 139957-139971, 140027-140030, 140036-140044, 140073-140083, 140095-140099, 140217, 140252-140255, 140289, 140298, 140299,...
Insertions

ins_132445:TATCAAGAT, ins_139435:CGAACCCGC, ins_139439:GCTAC, ins_139443:ATCAAACAA, ins_139452:AA, ins_139527:ATGGCTAACT, ins_139542:CCCACCATGAA, ins_139552:CAAACATATACATAAGATAC, ins_139565:GGGG, ins_139590:AATCTGAA, ins_139655:AGATA, ins_139661:CAAA, ins_139673:GGTAGA, ins_139679:GACCG, ins_139739:T, ins_139774:A, ins_139785:GA, ins_139875:GATCCGGAT, ins_139882:CTAGATCTCCA,...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:T343A
  • OPG153:I355T
  • OPG153:H408Y

OPG157

  • OPG157:L16H
  • OPG157:S17G
  • OPG157:N18G
  • OPG157:Q25L
  • OPG157:T27S

OPG158

  • OPG158:Y21H
  • OPG158:Y27F

OPG159

  • OPG159:M1F
  • OPG159:L51S
  • OPG159:S52Y
  • OPG159:H84Y
  • OPG159:Y128V

OPG160

  • OPG160:M1V
  • OPG160:P2S
  • OPG160:N111R
  • OPG160:L112H
  • OPG160:R174L
  • OPG160:N218P
  • OPG160:M219E
  • OPG160:T222I
  • OPG160:A223W
  • OPG160:S225I
  • OPG160:N226Q
  • OPG160:D235L
  • OPG160:K258I
  • OPG160:L259P
  • OPG160:S266N
  • OPG160:Q267S
  • OPG160:Y268G

OPG161

  • OPG161:P4V
  • OPG161:D7I
  • OPG161:Y110M

OPG162

  • OPG162:K65*
  • OPG162:M66S
  • OPG162:L78T
  • OPG162:R79T
  • OPG162:C162W

OPG163

  • OPG163:T16R
  • OPG163:D17N
  • OPG163:Y20I
  • OPG163:D21I
  • OPG163:P141H
  • OPG163:S142I
  • OPG163:D143L
  • OPG163:I166E
  • OPG163:D167T
  • OPG163:S176A
  • OPG163:*177R

OPG164

  • OPG164:T16S
  • OPG164:M48N
  • OPG164:N157H
  • OPG164:E158*
  • OPG164:D159V
  • OPG164:T160R
  • OPG164:K161R
  • OPG164:Q162D
  • OPG164:P164R
  • OPG164:P170C
  • OPG164:F171S
  • OPG164:N173G
  • OPG164:Y174N

OPG165

  • OPG165:F12I
  • OPG165:G13C
  • OPG165:P113T
  • OPG165:L114N
  • OPG165:D171*
  • OPG165:Y172*
  • OPG165:L173*
  • OPG165:D174*

OPG166

  • OPG166:M1I
  • OPG166:D2E
  • OPG166:S3R
  • OPG166:S21N
  • OPG166:T51P
  • OPG166:S53*
  • OPG166:W54N
  • OPG166:Y55R
  • OPG166:Y56*

OPG167

  • OPG167:M1I
  • OPG167:L2S
  • OPG167:V4S
  • OPG167:I6S
  • OPG167:A27S
  • OPG167:L93G
  • OPG167:P94V
  • OPG167:F119A
  • OPG167:S179Y
  • OPG167:C215*
  • OPG167:A216P

OPG170

  • OPG170:Y2L
  • OPG170:L4I
  • OPG170:I6G
  • OPG170:I7N
  • OPG170:M9W
  • OPG170:R51T
  • OPG170:F100K
  • OPG170:L150S
  • OPG170:K151R
  • OPG170:P152S
  • OPG170:D154S
  • OPG170:F155A
  • OPG170:K156F
  • OPG170:M166L
  • OPG170:I167S
  • OPG170:D172F

OPG172

  • OPG172:L18F
  • OPG172:S93R
  • OPG172:L94I
  • OPG172:N116R
  • OPG172:V117K
  • OPG172:C119R
  • OPG172:L120F
  • OPG172:S196H

OPG173

  • OPG173:M1L
  • OPG173:D2V
  • OPG173:K3Q
  • OPG173:I4R
  • OPG173:K5E

OPG174

  • OPG174:N50L
  • OPG174:G68S
  • OPG174:V69H
  • OPG174:N70*
  • OPG174:S142R
  • OPG174:P143R
  • OPG174:G144H
  • OPG174:K151E
  • OPG174:M153V
  • OPG174:A170S
  • OPG174:L172I
  • OPG174:Q271R
  • OPG174:G272R

OPG175

  • OPG175:M1Q
  • OPG175:A2T
  • OPG175:V3I
  • OPG175:C4E
  • OPG175:I6L
  • OPG175:T79D
  • OPG175:D80P
  • OPG175:I93A
  • OPG175:K95M
  • OPG175:D97S
  • OPG175:Q98E
  • OPG175:K113S
  • OPG175:I115D
  • OPG175:H116*

OPG176

  • OPG176:S6L
Deletions

OPG153

OPG153:366-375

OPG157

OPG157:23

OPG158

OPG158:7, OPG158:14-19, OPG158:23, OPG158:24

OPG159

OPG159:2, OPG159:3, OPG159:7, OPG159:8, OPG159:10, OPG159:43, OPG159:44, OPG159:58, OPG159:103-106, OPG159:110, OPG159:111

OPG160

OPG160:17, OPG160:34-37, OPG160:39, OPG160:40, OPG160:57, OPG160:151, OPG160:175, OPG160:194-198, OPG160:205-216, OPG160:237, OPG160:254-256, OPG160:274, OPG160:275

OPG161

OPG161:9, OPG161:10, OPG161:13-18, OPG161:106-109, OPG161:112-115, OPG161:150-163, OPG161:171-177

OPG162

OPG162:35-48, OPG162:58, OPG162:69, OPG162:75-77, OPG162:80-91, OPG162:98, OPG162:99, OPG162:106-112

OPG163

OPG163:30, OPG163:43, OPG163:65-86, OPG163:109-112, OPG163:114, OPG163:115, OPG163:128, OPG163:129, OPG163:134, OPG163:147-150, OPG163:175

OPG164

OPG164:13, OPG164:17-20, OPG164:45, OPG164:46, OPG164:59-61, OPG164:64, OPG164:65, OPG164:139-141, OPG164:214

OPG165

OPG165:4, OPG165:27, OPG165:28, OPG165:84-98, OPG165:103-111, OPG165:115, OPG165:128, OPG165:129, OPG165:165-169, OPG165:176-178, OPG165:186-189, OPG165:191

OPG166

OPG166:4-6, OPG166:12, OPG166:13, OPG166:43-48, OPG166:58

OPG167

OPG167:10, OPG167:11, OPG167:18-25, OPG167:28, OPG167:29, OPG167:108, OPG167:121-127, OPG167:167-169, OPG167:187-195, OPG167:217-222, OPG167:234-236, OPG167:243, OPG167:257-261

OPG170

OPG170:23, OPG170:24, OPG170:63, OPG170:86, OPG170:87, OPG170:98, OPG170:109, OPG170:144-148, OPG170:164, OPG170:169, OPG170:174, OPG170:182-196

OPG171

OPG171:11-13, OPG171:44-52

OPG172

OPG172:13-17, OPG172:21-25, OPG172:96-99, OPG172:104-106, OPG172:110, OPG172:113, OPG172:114, OPG172:124-127, OPG172:135-139, OPG172:141-147, OPG172:150-162, OPG172:184-187, OPG172:191-195

OPG173

OPG173:7-14, OPG173:31-39, OPG173:47-51, OPG173:56-58

OPG174

OPG174:15, OPG174:16, OPG174:60, OPG174:61, OPG174:71-76, OPG174:82-86, OPG174:95, OPG174:96, OPG174:99-103, OPG174:127-130, OPG174:154, OPG174:184, OPG174:202, OPG174:203, OPG174:288, OPG174:310-331

OPG175

OPG175:7-10, OPG175:26-35, OPG175:81, OPG175:99, OPG175:109, OPG175:117-119

OPG176

OPG176:10-13, OPG176:18, OPG176:27
Insertions

OPG157

ins_OPG157:0:XIVFR, ins_OPG157:11:FSSKYLMYMF, ins_OPG157:54:IKSLFDKCS

OPG158

ins_OPG158:0:N*TL*AX, ins_OPG158:27:PLTRS, ins_OPG158:39:L

OPG159

ins_OPG159:84:SNSQYS*SHD*, ins_OPG159:128:RYDKSRC*TIY*

OPG160

ins_OPG160:3:IID, ins_OPG160:12:TS*TVGTIPFH, ins_OPG160:15:MFAIYITHFLN, ins_OPG160:40:XIS*PLLEFQ, ins_OPG160:77:V*EFP, ins_OPG160:223:K, ins_OPG160:228:FLDKPHISTFALHQKL, ins_OPG160:262:HNFH

OPG162

ins_OPG162:57:VFMV*RKRX, ins_OPG162:162:FRI, ins_OPG162:169:KI*Q*CYTRLY*

OPG163

ins_OPG163:3:EFNKKGIVKVTEDKPDNDKRIHAIRLIN, ins_OPG163:133:VEEPDPVKKDA, ins_OPG163:144:TLDHN

OPG164

ins_OPG164:48:GGHEP, ins_OPG164:165:SIKIF*HDM*, ins_OPG164:167:*KIRMW*YVCWYSCR

OPG165

ins_OPG165:127:RTR, ins_OPG165:144:*AYY

OPG166

ins_OPG166:47:*SYVAKTTR, ins_OPG166:59:CR

OPG167

ins_OPG167:2:SD, ins_OPG167:91:LRF*, ins_OPG167:177:LQKAC

OPG170

ins_OPG170:0:IEFV, ins_OPG170:29:RVVDVRVRHPPMVSRH*

OPG171

ins_OPG171:0:XAWYQFLLREE, ins_OPG171:29:LD

OPG174

ins_OPG174:0:GFGX, ins_OPG174:31:IS*S, ins_OPG174:158:NGRYX, ins_OPG174:185:M*LSCRI*, ins_OPG174:242:*GFR, ins_OPG174:256:YSINVVQRYX

OPG176

ins_OPG176:0:GVVST*MFTA

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue