PP_000T6VG.1

USA/PP_000T6VG.1
N. Shashan, J. Makarenko, L. Tallon, L. Sadzewicz, K. Vavikolanu, A. Mehta, J. Aluvathingal, S. Nadendla, T. Myers, Y. Yan & H. Sichtig

US Food and Drug Administration, Center for Devices and Radiological Health

Sample details

Sampling location
USA (MD)
Isolate name
USA-2003

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
B.1.7

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2022-07-30
NCBI update date
2022-07-30

Submission details

Submission ID
OK573049.1
Submitting group
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 18:50:13 UTC
Earliest release date
2022-07-30

Alignment and QC

Length
747 (0.509%)
# of SNPs
183
# of inserted bases
63
# of deleted bases
319
# of frame shifts
12
# of stop codons
1
Frame shifts
OPG165:257-269(nt:144282-144322),OPG166:17-18(nt:144444-144449),OPG166:41-44(nt:144516-144529),OPG166:52-60(nt:144550-144577),OPG167:84-86(nt:145150-145160),OPG167:90-126(nt:145031-145140),OPG167:132-184(nt:144856-145015),OPG167:189-204(nt:144796-144844),OPG167:213-224(nt:144736-144773),OPG167:227-229(nt:144723-144729),OPG167:240-242(nt:144684-144690),OPG167:252-270(nt:144599-144655)
Stop Codons
OPG166:3

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • A144273G
  • A144288T
  • A144290C
  • T144291G
  • A144292G
  • A144294T
  • G144298A
  • A144299C
  • G144300C
  • T144303A
  • T144307C
  • A144308C
  • T144310C
  • T144315C
  • G144316T
  • G144317T
  • A144318C
  • T144323A
Deletions

144275-144281, 144337-144345, 144354-144357, 144372-144381, 144395-144397, 144413-144415, 144425-144433, 144443, 144450-144496, 144515, 144530, 144531, 144540-144549, 144570-144584, 144597, 144598, 144601-144609, 144624-144644, 144656-144662, 144679-144683, 144691-144706, 144721, 144722, 144743-144748, 144757-144762, 144786-144795, 144823-144834, 144845, 144846, 144854, 144855,...
Insertions

ins_144295:CTC, ins_144312:TTCTAA, ins_144729:TT, ins_144735:TACT, ins_144773:GT, ins_144804:TTAGTT, ins_144816:ATG, ins_144976:AACT, ins_144990:ACCGTTA, ins_145053:AATGTTA, ins_145092:GTGGTTATAACA, ins_145107:GAATAT, ins_145149:G

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG165

  • OPG165:Y253C

OPG166

  • OPG166:M1I
  • OPG166:D2V
  • OPG166:S3*
  • OPG166:F5L
  • OPG166:S6L
  • OPG166:I14Y

OPG167

  • OPG167:I129T
  • OPG167:V232N
  • OPG167:L233N
  • OPG167:D244E
  • OPG167:G245D
  • OPG167:T272H
  • OPG167:Q273I
Deletions

OPG165

OPG165:254-256

OPG166

OPG166:16, OPG166:19-40, OPG166:45-51

OPG167

OPG167:81-83, OPG167:87, OPG167:127, OPG167:128, OPG167:131, OPG167:185-188, OPG167:205-212, OPG167:225, OPG167:226, OPG167:235-239, OPG167:243, OPG167:250, OPG167:251, OPG167:271
Insertions

OPG166

ins_OPG166:7:ICLCXXVHIHCD

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue