PP_000T5YB.1

USA/PP_000T5YB.1
N. Shashan, J. Makarenko, L. Tallon, L. Sadzewicz, K. Vavikolanu, A. Mehta, J. Aluvathingal, S. Nadendla, T. Myers, Y. Yan & H. Sichtig

US Food and Drug Administration, Center for Devices and Radiological Health

Sample details

Sampling location
USA (MD)
Isolate name
USA-2003

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
A

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2022-07-30
NCBI update date
2022-07-30

Submission details

Submission ID
OK573018.1
Submitting group
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 18:50:44 UTC
Earliest release date
2022-07-30

Alignment and QC

Length
4173 (33.1%)
# of SNPs
968
# of inserted bases
574
# of deleted bases
61691
# of frame shifts
22
# of stop codons
3
Frame shifts
OPG003:21-47(nt:4467-4549),OPG003:53-59(nt:4431-4453),OPG003:73-74(nt:4388-4391),OPG003:89-111(nt:4277-4343),OPG003:122-123(nt:4239-4246),OPG003:133-142(nt:4184-4211),OPG003:163-165(nt:4114-4121),OPG003:184-589(nt:2841-4058),OPG015:5-10(nt:6128-6144),OPG015:19-45(nt:6024-6102),OPG015:84-112(nt:5822-5907),OPG015:120-129(nt:5770-5799),OPG015:149(nt:5710-5712),...
Stop Codons
OPG003:115,OPG019:2,OPG019:123

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C4034T
  • G4037T
  • G4044T
  • G4045A
  • A4048T
  • G4050T
  • T4054A
  • T4055A
  • C4057T
  • G4059C
  • G4062T
  • T4063C
  • A4064T
  • G4067A
  • G4070A
  • G4117T
  • T4118A
  • T4125G
Deletions

4040, 4041, 4074-4113, 4122, 4123, 4131-4133, 4151-4153, 4170-4183, 4192, 4193, 4234-4238, 4247-4262, 4272-4276, 4296-4308, 4327-4335, 4344-4347, 4371-4373, 4386, 4387, 4392-4404, 4419-4424, 4454, 4480-4482, 4517-4542, 4550-4578, 4587-4607, 4617-4632, 4643-4652, 4667, 4678-4681, 4702-4710, 4745, 4756, 4757, 4765-4772, 4787, 4795, 4796, 4799-4804, 4813-4821, 4834-4842, 4852-4868,...
Insertions

ins_4058:A, ins_4211:TCAA, ins_4283:T, ins_4357:GAG, ins_4430:A, ins_4466:G, ins_4475:TAG, ins_4499:CTAGTGT, ins_4508:GCTAGAAA, ins_4662:GAATATCGG, ins_4683:CCCGGCC, ins_4724:TCGG, ins_4929:GTAGC, ins_5709:C, ins_5712:GGGGT, ins_5737:GCT, ins_5769:AAAGACAGATTAA, ins_5794:GTAGCTT, ins_6049:AGGTTGAGATGAAGCTTCT, ins_6093:T, ins_6144:A, ins_6186:AAAATGAAGGT, ins_6194:CAGAGCTTAAGCG,...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG003

  • OPG003:I49S
  • OPG003:C61F
  • OPG003:D62N
  • OPG003:T78Y
  • OPG003:N84D
  • OPG003:P85I
  • OPG003:V87R
  • OPG003:L114R
  • OPG003:I115*

OPG015

  • OPG015:D62L
  • OPG015:V63F
  • OPG015:Y65P
  • OPG015:*438R

OPG019

  • OPG019:S2*
  • OPG019:I3A
  • OPG019:I113V
  • OPG019:I114M
  • OPG019:V122R
  • OPG019:Y123*
Deletions

OPG003

OPG003:52, OPG003:69-72, OPG003:88, OPG003:112, OPG003:116-121, OPG003:124-132, OPG003:143-162, OPG003:166-183

OPG015

OPG015:11-18, OPG015:46-51, OPG015:73-83, OPG015:154-158, OPG015:390-397, OPG015:410-414, OPG015:416-420, OPG015:431-435

OPG019

OPG019:4-9, OPG019:17-28, OPG019:70-73, OPG019:85, OPG019:124-130
Insertions

OPG003

ins_OPG003:62:K*FXXECETKSRITHAFV, ins_OPG003:107:N*RV*N

OPG015

ins_OPG015:65:HATLLTLH, ins_OPG015:79:SNAKQN, ins_OPG015:94:VFQREKTYLRVPQAAPATSAETP, ins_OPG015:425:N

OPG019

ins_OPG019:91:F*IPIRKPNEV

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue