PP_000RH4S.1

Display Name: USA/PP_000RH4S.1/2023-08-20
Davis, E. H.; Velez, J.; Hughes, H. R.

Submission details

Submission ID
PP445212.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-10-14 02:31:04 UTC
Date released
2024-10-14 02:31:10 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-10-14 02:31insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
Centers for Disease Control and Prevention, Arboviral Diseases Branch

Alignment states and QC metrics

Completeness
98.44%
Length
10704
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
167
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
14
Total SNPs
2405
Total stop codons
0
Total unknown nucs
0

Sample details

Collection subdivision level 1
Nebraska
Collection country
USA
Collection date
2023-08-20
Isolate name
135322a-L3

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

INSDC

INSDC accession
PP445212.1
NCBI release date
2024-10-13
NCBI update date
2024-10-13

Lineage

Lineage
3

Nucleotide mutations

Substitutions

  • C62T
  • C69T
  • C84T
  • C93T
  • A104G
  • C123A
  • A124G
  • G126T
  • G128A
  • T146A
  • A156T
  • T158A
  • T167G
  • G168A
  • T169G
  • T170G
  • G171A
  • T175C
    • Deletions
    10398-10404, 10421-10441, 10447-10458, 10471-10485, 10491-10505, 10522-10524, 10813-10906
    Insertions
    ins_10410:GGAGCGTTCA, ins_10516:TTT, ins_10665:T

    Amino acid mutations

    Substitutions

    2K

  • 2K:M15L
  • 2K:L17F
  • 2K:V18I
  • 2K:S19G

    • NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:M29T
  • NS1:Y34F
  • NS1:Y35H
  • NS1:K44R
  • NS1:I45V
  • NS1:K51E
  • NS1:E52S
  • NS1:V54T
  • NS1:L57I
  • NS1:E69D
  • NS1:A70S
  • NS1:L79F
  • NS1:K80R
  • NS1:V84I
  • NS1:V88M
  • NS1:E94S
  • NS1:M96V

    • NS2A

  • NS2A:N2K
  • NS2A:A3S
  • NS2A:M34I
  • NS2A:I39V
  • NS2A:L42A
  • NS2A:F46L
  • NS2A:V58I
  • NS2A:A66M
  • NS2A:S68A
  • NS2A:K84R
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:Q123L
  • NS2A:I124M
  • NS2A:L126G
  • NS2A:I142V
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150S

    • NS2B

  • NS2B:I31V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:E73D
  • NS2B:R78K
  • NS2B:M88I

    • NS3

  • NS3:K14R
  • NS3:T19A
  • NS3:S33N
  • NS3:A38V
  • NS3:Q86G
  • NS3:K88R
  • NS3:Q92M
  • NS3:E120D
  • NS3:F130Y
  • NS3:N158S
  • NS3:D172E
  • NS3:I175V
  • NS3:A177S
  • NS3:E182D
  • NS3:R203K
  • NS3:N214S
  • NS3:R215K
  • NS3:V221I

    • NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:K35R
  • NS4A:M42S
  • NS4A:A55I
  • NS4A:A58T
  • NS4A:V67I
  • NS4A:A85T
  • NS4A:V89A
  • NS4A:E98D

    • NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:I13M
  • NS4B:S15N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:E22G
  • NS4B:V23T
  • NS4B:K24T
  • NS4B:N26S
  • NS4B:F27L
  • NS4B:S28G
  • NS4B:G30A
  • NS4B:E31D
  • NS4B:F32L
  • NS4B:R37K
  • NS4B:V47I
  • NS4B:T48S

    • NS5

  • NS5:V11A
  • NS5:M19L
  • NS5:I33T
  • NS5:S38A
  • NS5:A39P
  • NS5:H42Y
  • NS5:V74I
  • NS5:G129K
  • NS5:P136T
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:L197V
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:S232A
  • NS5:R247K
  • NS5:Q253H

    • capsid

  • capsid:K3R
  • capsid:K10D
  • capsid:S11N
  • capsid:L17Q
  • capsid:M21K
  • capsid:V24G
  • capsid:L25G
  • capsid:I28M
  • capsid:M34I
  • capsid:K41R
  • capsid:R55K
  • capsid:D67E
  • capsid:L82T
  • capsid:T90I
  • capsid:S93N
  • capsid:N96S
  • capsid:S100E
  • capsid:Q102K

    • env

  • env:A51T
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  • env:E55G
  • env:S58D
  • env:T64A
  • env:D83E
  • env:F90Y
  • env:V91F
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  • env:T123S
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  • env:R128W
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  • env:E150D
  • env:V159M
  • env:L167F

    • prM

  • prM:T2V
  • prM:V10L
  • prM:V19I
  • prM:D21N
  • prM:T27I
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    • Deletions
    None
    Insertions
    None