PP_0004D0D.2

Display Name: Russia/PP_0004D0D.2/2023-01-01
Antonov, A. S.; Ustinov, D. V.; Izhberdeeva, M. P.; Guseva, A. N.; Shpak, I. M.; Galkina, A. Y.; Gusev, E. A.; Boroday, N. V.; Molchanova, E. V.

Submission details

Submission ID
OR757506.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-09-26 15:01:22 UTC
Date released
2024-09-26 15:27:04 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-08-27 12:09insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
Volgograd Plague Control Research Institute, Laboratory of Bioinformatics

Alignment states and QC metrics

Completeness
99.89%
Frame shifts
NS2A:122-124(nt:3889-3895),NS4B:31-33(nt:7006-7014)
Length
11038
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
20
Total frame shifts
2
Total inserted nucs
41
Total SNPs
2232
Total stop codons
0
Total unknown nucs
0

Sample details

Collection subdivision level 1
Volgograd
Collection country
Russia
Collection date
2023
Collection date (lower bound)
2023-01-01
Collection date (upper bound)
2023-11-19
Isolate name
Volgograd 75/23

Host

Host name scientific
Dermacentor marginatus
Host taxon id
49202

INSDC

INSDC accession
OR757506.1
NCBI release date
2023-11-19
NCBI update date
2023-11-19

Lineage

Lineage
2

Nucleotide mutations

Substitutions

  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • G186A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216G
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • C255T
  • G261A
    • Deletions
    3885-3888, 6994-6996, 10467-10470, 10483-10489, 10904, 10921
    Insertions
    ins_10452:AGA, ins_7014:G, ins_3895:AATG, ins_10495:AT, ins_10406:GTTGTGTTGGGTAGTTGTATAGT, ins_7005:GTTGA, ins_10501:T, ins_10461:AG

    Amino acid mutations

    Substitutions

    2K

  • 2K:M15L

    • NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94D
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T
  • NS1:L192M
  • NS1:I194V
  • NS1:R205G

    • NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K
  • NS2A:I183V
  • NS2A:R188K
  • NS2A:A193S
  • NS2A:S201C

    • NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:D59N
  • NS2B:S61T
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I

    • NS3

  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:R215K
  • NS3:A233S
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:S334T
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:T436E
  • NS3:E439D
  • NS3:V450I

    • NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A

    • NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:K24R
  • NS4B:N26T
  • NS4B:F27T
  • NS4B:S28L
  • NS4B:M29G
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T

    • NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:L197T
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:V230I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:N281S

    • capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108T
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A

    • env

  • env:E55D
  • env:T64S
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  • env:R93K
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  • env:T205S
  • env:T208A
  • env:T210S
  • env:V232T
  • env:I253V

    • prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73P
  • prM:M112L
  • prM:V156A
  • prM:V157I
    • Deletions
    NS2A:121
    Insertions
    ins_NS4B:29:V