PP_0003N06.2

Display Name: Italy/PP_0003N06.2/2022-11-02
Mencattelli, G.; Monaco, F.; Curini, V.; Teodori, L.; Polci, A.; Savini, G.

Submission details

Submission ID
OQ204315.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-09-26 15:01:22 UTC
Date released
2024-09-26 15:23:59 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-08-27 12:09insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Abruzzo e del Molise 'G. Caporale', Animals Foreign Diseases

Alignment states and QC metrics

Completeness
92.58%
Length
10932
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
17
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
39
Total SNPs
2078
Total stop codons
0
Total unknown nucs
699

Sample details

Collection subdivision level 1
Sicily
Collection country
Italy
Collection date
2022-11-02
Collection date (lower bound)
2022-11-02
Collection date (upper bound)
2022-11-02

Host

Host name scientific
Equus caballus
Host taxon id
9796

INSDC

INSDC accession
OQ204315.1
NCBI release date
2023-06-13
NCBI update date
2023-06-13

Lineage

Lineage
2

Nucleotide mutations

Substitutions

  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216G
  • G219A
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • C255T
  • G261A
    • Deletions
    6994-6996, 10467-10470, 10487-10494, 10904, 10921
    Insertions
    ins_10483:GAC, ins_7006:TTGAGA, ins_10408:TGTATTGAGT, ins_10452:AGA, ins_10417:GTTGTAGTGTTTA, ins_10501:T, ins_10461:AG, ins_10621:N

    Amino acid mutations

    Substitutions

    2K

  • 2K:M15L

    • NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:K44R
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
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  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T
  • NS1:L192M

    • NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:R122K
  • NS2A:Q123N
  • NS2A:I124V
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
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  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K
  • NS2A:I183V

    • NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V119I
  • NS2B:V120I

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  • NS3:K11R
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  • NS3:T436E
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  • NS3:V450I

    • NS4A

  • NS4A:I6V
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  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A

    • NS4B

  • NS4B:S11N
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  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
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  • NS4B:N26T
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  • NS4B:S28L
  • NS4B:M29G
  • NS4B:G30V
  • NS4B:T48A
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  • NS4B:I168V
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T

    • NS5

  • NS5:Q18H
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  • NS5:K190R
  • NS5:L197A
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K

    • capsid

  • capsid:S11N
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  • capsid:S100T
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  • capsid:S120C

    • env

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  • env:V442I
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    • prM

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    • Deletions
    None
    Insertions
    ins_NS4B:31:N