Netherlands/3260827023/2026-08-27
M. Boter, A. van der Linden, S. Khemthong, R. van den Beek, S. van der Boom, H. van der Jeugd, J. van der Brand, J. Rijks, A. Stroo, E. Lizarazo Forero, M. Koopmans, R. Molenkamp, K. von Eije, A. van der Eijk, C. GeurtsvanKessel, R. Sikkema & B. Oude Munnink

Sample details

Collection date
2026-08-27
Sampling location
Netherlands (Noord-Holland)

Data use terms

Data use terms
RESTRICTED

Lineage

Lineage
2

Sequencing

Sequencing instrument
GridION
Depth of coverage
30

Submission details

Comment
Brain
Submission ID
3260827023
Submitting group
Date submitted
2026-09-14 14:01:51 UTC
Date released
2026-09-14 14:13:07 UTC
Earliest release date
2026-09-14

Alignment and QC

Length
10939 (96.6%)
# of SNPs
2166
# of inserted bases
38
# of deleted bases
17
# of unknown bases
264
# of frame shifts
1
Frame shifts
NS4B:31-33(nt:7006-7014)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions
  • C52T
  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216G
  • G219A
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • C255T
Deletions
6994-6996, 10467-10470, 10487-10494, 10904, 10921
Insertions
ins_7005:GTTGA, ins_7014:G, ins_10408:TGTATTGAGT, ins_10417:GTTGTAGTGTTTA, ins_10452:AGA, ins_10461:AG, ins_10483:GTT, ins_10501:T

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

2K

  • 2K:M15L

NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:K44R
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T
  • NS1:L192M

NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:R122K
  • NS2A:Q123N
  • NS2A:I124V
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K
  • NS2A:I183V

NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I

NS3

  • NS3:K11R
  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:R215K
  • NS3:A233S
  • NS3:P249H
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T436E

NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A

NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T

NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:K190R
  • NS5:L197T
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K

capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108T
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A

env

  • env:E55D
  • env:T64S
  • env:K71R
  • env:D83E
  • env:R93K
  • env:S122T
  • env:I126T
  • env:R128W
  • env:T129I
  • env:L131Q
  • env:V159A
  • env:L167F
  • env:A172S
  • env:N199S
  • env:T205S
  • env:T208A
  • env:T210S
  • env:V232T

prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:V156A
  • prM:V157I
Deletions

NS4B

NS4B:28-30
Insertions

NS4B

ins_NS4B:22:TRETTLG

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