PP_0072S0X.1

Denmark/PP_0072S0X.1/2026-04-17
Vithiagran Gunalan, Aleksander Ring & Morten Rasmussen

VIG Section, Department of Virology and Microbiological Preparedness, Statens Serum Institute,

Sample details

Collection date
2026-04-17
Sampling location
Denmark

Data use terms

Data use terms
RESTRICTED

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-06-09 13:08viguRESTRICTED until 2027-06-09
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ib
Outbreak
sh2023
Lineage
None

Host

Host

Sequencing

Sequencing instrument
Oxford Nanopore GridION
Sequencing protocol
https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.n2bvj6155lk5/v1

Submission details

Submission ID
hMPXV/Denmark/VIG-1/2026
Submitting group
Date submitted
2026-06-09 13:08:29 UTC
Date released
2026-06-09 13:09:04 UTC
Earliest release date
2026-06-09

Alignment and QC

Length
197808 (99.8%)
# of SNPs
539
# of inserted bases
951
# of deleted bases
296
# of ambiguous bases
53
# of unknown bases
212
# of frame shifts
5
# of stop codons
1
Frame shifts
OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)
Stop Codons
OPG175:98

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T466C
  • G475A
  • C630A
  • T720C
  • G749A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • A1504G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • G2591A
  • G2967A
  • C3143T
  • G3145A
Deletions

2239-2241, 4693-4775, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 24310, 24338, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 46648, 47576, 50500, 50501, 50575, 50576, 142755, 143168-143215, 143459, 145892, 145979-145981, 146863, 151022-151026, 151043, 166656, 166657, 166712, 173501, 173502, 178328, 181190-181209, 183555-183557, 187207, 189744, 190198, 190199, 190402,...
Insertions

ins_755:ACA, ins_16407:GTGT, ins_16543:ATTA, ins_18898:NNCCGGCTGTCATGTAT, ins_18906:GAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTCGTTGTATGAGTGTATGATCTTTWARSCSSYWRRARKTTTYCSKTTKRWWWWRGRWKKKGRMMWTTWAMMAW, ins_18911:MMSKKGGTGGATATGCGCCTGAATATCTAGGAGTGATTAAGTTTGGAAGTCTTTTCCATTTCGAAGTGCCGTGTTTCAAATATTCTGCTATACCCGTTGAAATAGAAAATTCTAATCCTCCTATTACATATAACTTTCCATCGTTAACACAAGTA...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG002

  • OPG002:S54F
  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

OPG003

  • OPG003:A189V
  • OPG003:R318C
  • OPG003:T488I
  • OPG003:D489N

OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I

OPG029

  • OPG029:C146R

OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:D43N
  • OPG030:S113N

OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K

OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:V17I
  • OPG036:D25E

OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

OPG039

  • OPG039:C279Y

OPG040

  • OPG040:M160I
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

OPG042

  • OPG042:T159I

OPG046

  • OPG046:S95N

OPG047

  • OPG047:I232K

OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

OPG054

  • OPG054:R438G

OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y

OPG059

  • OPG059:I26L

OPG063

  • OPG063:V307A

OPG064

  • OPG064:A88S

OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N
  • OPG066:K140N
  • OPG066:L222I

OPG070

  • OPG070:Y12H
  • OPG070:H205Y

OPG071

  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

OPG072

  • OPG072:V10I

OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

OPG079

  • OPG079:C45Y

OPG080

  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

OPG084

  • OPG084:Q620R

OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

OPG089

  • OPG089:D303E

OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

OPG092

  • OPG092:I244N

OPG094

  • OPG094:R175T

OPG096

  • OPG096:I68M
  • OPG096:L75P

OPG100

  • OPG100:R134H
  • OPG100:K152Q

OPG101

  • OPG101:T153A

OPG102

  • OPG102:I249V

OPG104

  • OPG104:T12A

OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

OPG112

  • OPG112:H34R

OPG113

  • OPG113:V537I

OPG117

  • OPG117:D454N

OPG118

  • OPG118:N413S

OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:C436Y

OPG125

  • OPG125:T493M
  • OPG125:I514V

OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y

OPG140

  • OPG140:P39H

OPG144

  • OPG144:T184I

OPG145

  • OPG145:P76Q
  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P

OPG148

  • OPG148:I313S

OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D

OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:I370D
  • OPG153:Q493P

OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

OPG160

  • OPG160:P2S

OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

OPG163

  • OPG163:V46A

OPG164

  • OPG164:S7L
  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:V96I
  • OPG170:M111I

OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

OPG173

  • OPG173:N21S

OPG174

  • OPG174:R315C

OPG175

  • OPG175:Q98*

OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

OPG178

  • OPG178:I139V

OPG187

  • OPG187:K300*

OPG188

  • OPG188:S227F
  • OPG188:V265I

OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

OPG192

  • OPG192:G100E

OPG200

  • OPG200:E134G

OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A
  • OPG205:R733Q

OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:A475V
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:E1057D
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
Deletions

OPG002

OPG002:172

OPG029

OPG029:153, OPG029:154

OPG031

OPG031:258

OPG049

OPG049:314

OPG164

OPG164:131-146, OPG164:228

OPG191

OPG191:166

OPG210

OPG210:734
Insertions

OPG047

ins_OPG047:483:X

OPG153

ins_OPG153:370:DDDDDDM

OPG164

ins_OPG164:212:*

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue