PP_006WYE9.1

USA/PP_006WYE9.1/2026-03-19
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Los Angeles County Public Health Lab microbial pathogen submission group, Los Angeles County Public Health Laboratories

Sample details

Collection date
2026-03-19
Sampling location
USA (California)
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00954/2026

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-05-14 13:11insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-05-12
NCBI update date
2026-05-12

Host

Host

Submission details

Submission ID
PZ363924.1
Submitting group
Date submitted
2026-05-14 13:09:49 UTC
Date released
2026-05-14 13:35:00 UTC
Earliest release date
2026-05-12

Alignment and QC

Length
197189 (88.3%)
# of SNPs
101
# of inserted bases
101
# of deleted bases
121
# of ambiguous bases
5
# of unknown bases
23104
# of frame shifts
1
Frame shifts
OPG198:232-283(nt:170731-170886)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C4592T
  • C7771T
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • C20866T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25213A
Deletions

602-609, 169769-169774, 179153-179251, 196610-196617
Insertions

ins_0:ATAAGTTTTAGTACATTAATATTAT, ins_133194:NNN, ins_150585:G, ins_170730:A, ins_173324:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_197209:ATAATATTAATGTACTAAAACTTAT

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:E6K
  • OPG003:D264N

OPG023

  • OPG023:P71S

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG036

  • OPG036:E67K

OPG040

  • OPG040:S89F

OPG043

  • OPG043:E44K

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG060

  • OPG060:S77F

OPG069

  • OPG069:D121Y

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:D249N
  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:R124Q
  • OPG109:I620M

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:D151N

OPG133

  • OPG133:S312L

OPG135

  • OPG135:R40Q

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG144

  • OPG144:M41T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG188

  • OPG188:E12K
  • OPG188:E331K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
Deletions

OPG197

OPG197:34, OPG197:35
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue