PP_006V201.1

USA/PP_006V201.1/2026-03-18
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

Sample details

Collection date
2026-03-18
Sampling location
USA (California)
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00938/2026

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-05-01 07:30insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.4.1

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-04-28
NCBI update date
2026-04-28

Host

Host

Submission details

Submission ID
PZ301162.1
Submitting group
Date submitted
2026-05-01 07:30:45 UTC
Date released
2026-05-01 07:39:51 UTC
Earliest release date
2026-04-28

Alignment and QC

Length
197143 (100%)
# of SNPs
114
# of inserted bases
89
# of deleted bases
155
# of unknown bases
13

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3740T
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • C16270T
  • A18769G
  • C20453T
  • G20576A
  • G21394A
  • G21723A
  • G21751A
  • C23564T
  • G24205A
Deletions

602-609, 19451-19480, 133177-133186, 179145-179243, 196610-196617
Insertions

ins_0:ATAAGTTTTAGTACATTAATATTAT, ins_133102:TTT, ins_173317:ATATATATATATATATATATATATATATATATATAT, ins_197209:ATAATATTAATGTACTAAAACTTAT

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N
  • OPG003:E290K

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG037

  • OPG037:S228L
  • OPG037:S347F

OPG043

  • OPG043:P163S

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG049

  • OPG049:M107I

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG055

  • OPG055:S278L

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG065

  • OPG065:R28C

OPG068

  • OPG068:E75K
  • OPG068:E108K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG097

  • OPG097:R181K

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG113

  • OPG113:H218Y

OPG118

  • OPG118:S521F
  • OPG118:K606E

OPG122

  • OPG122:R182Q

OPG136

  • OPG136:D98N
  • OPG136:D309N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG148

  • OPG148:E157K
  • OPG148:G312S

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG163

  • OPG163:P67S

OPG175

  • OPG175:S29L

OPG176

  • OPG176:D128N
  • OPG176:H221Y

OPG190

  • OPG190:E129K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG198

  • OPG198:S179L

OPG205

  • OPG205:D330N

OPG209

  • OPG209:S30L

OPG210

  • OPG210:E107K
  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG034

OPG034:178-187
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue