PP_006UZ9N.1

Portugal/PP_006UZ9N.1/2026-04-02
Daniel Sobral, Rita Cordeiro, Luis Coelho, Rita Ferreira, Joana Isidro, Vitor Borges & Joao Paulo Gomes

Instituto Nacional de Saude Doutor Ricardo Jorge (INSA), Portugal

Sample details

Collection date
2026-04-02
Sampling location
Portugal
Isolate name
Monkeypox_PT1005_2026

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-04-28 12:39daniel.sobralOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.4.1

INSDC

BioProject accession
BioSample accession
Raw reads accession

Host

Host

Sequencing

Sequencing date
2026-04-24
Sequencing instrument
Illumina NextSeq 552
Sequencing protocol
dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5qpvob1nbl4o/v6

Submission details

Submission ID
Monkeypox_PT1005_2026
Submitting group
Date submitted
2026-04-28 12:39:05 UTC
Date released
2026-04-28 12:40:16 UTC
Earliest release date
2026-04-28

Alignment and QC

Length
195591 (98.1%)
# of SNPs
101
# of inserted bases
82
# of deleted bases
88
# of unknown bases
2046

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • C18647T
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
Deletions

133177-133186, 174531-174536, 179172-179243
Insertions

ins_133102:TT, ins_136554:ATC, ins_174103:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_178048:T

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG031

  • OPG031:R61Q

OPG037

  • OPG037:S347F

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:D54N

OPG081

  • OPG081:S74F

OPG092

  • OPG092:H84Y
  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG113

  • OPG113:H218Y

OPG117

  • OPG117:S21L

OPG118

  • OPG118:D598N
  • OPG118:K606E

OPG121

  • OPG121:E172K

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG148

  • OPG148:G312S

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG153

  • OPG153:E293K

OPG175

  • OPG175:S29L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG205

  • OPG205:D330N
  • OPG205:E623K

OPG209

  • OPG209:S30L

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions

OPG153

ins_OPG153:385:D

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue