PP_006QJNJ.1

Ireland/PP_006QJNJ.1/2026-03
Michael Carr, Laura Fahey, Brian Keogan, Alan Rice, Daniel Hare & Cillian F. De Gascun

National Virus Reference Laboratory, University College Dublin, Belfield, Dublin, Ireland

Sample details

Collection date
2026-03
Sampling location
Ireland

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-03-24 11:31lfaheyOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ib
Outbreak
sh2023
Lineage
None

INSDC

BioProject accession
BioSample accession

Host

Host
Homo sapiens

Sequencing

Amplicon PCR primer scheme
ARTIC MPXV 400bp - https://labs.primalscheme.com/detail/artic-inrb-mpox/400/v1.0.0/?q=
Sequencing instrument
Illumina NextSeq
Reference genome accession
PX667572
Consensus sequence software name
ivar
Consensus sequence software version
1.4.4
Depth of coverage
3933
Breadth of coverage
94

Submission details

Submission ID
GIRL00019978
Submitting group
Date submitted
2026-03-24 11:31:54 UTC
Date released
2026-03-24 11:36:35 UTC
Earliest release date
2026-03-24

Alignment and QC

Length
196613 (95.6%)
# of SNPs
830
# of inserted bases
2668
# of deleted bases
3151
# of ambiguous bases
1
# of unknown bases
8638
# of frame shifts
5
# of stop codons
1
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)
Stop Codons
OPG175:98

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T128C
  • T466C
  • G475A
  • T720C
  • G749A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • G2967A
  • T3099G
Deletions

682-685, 2239-2241, 4693-4775, 6622, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 29218-29223, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945,...
Insertions

ins_755:ACA, ins_1697:A, ins_4598:T, ins_6256:TTT, ins_6644:A, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8327:ATCAGT, ins_9264:A, ins_9568:TT, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_16543:ATTA, ins_16560:AT, ins_18901:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D

OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:I48T
  • OPG015:L136F
  • OPG015:A249T

OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

OPG019

  • OPG019:G112C
  • OPG019:M124R

OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

OPG022

  • OPG022:G73D

OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T

OPG024

  • OPG024:S32G

OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I

OPG029

  • OPG029:C146R

OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:D43N
  • OPG030:S113N

OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:M271K

OPG034

  • OPG034:P184H
  • OPG034:L205R

OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:V17I
  • OPG036:D25E

OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

OPG039

  • OPG039:C279Y

OPG040

  • OPG040:M160I
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

OPG042

  • OPG042:T159I

OPG043

  • OPG043:T3A
  • OPG043:N68S

OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

OPG045

  • OPG045:A185T

OPG046

  • OPG046:S95N

OPG047

  • OPG047:I232K
  • OPG047:D478N

OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

OPG054

  • OPG054:R438G

OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y

OPG059

  • OPG059:I26L

OPG063

  • OPG063:V307A

OPG064

  • OPG064:A88S

OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N
  • OPG066:K140N
  • OPG066:L222I

OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

OPG070

  • OPG070:Y12H
  • OPG070:H205Y

OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

OPG072

  • OPG072:V10I

OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

OPG076

  • OPG076:S20N

OPG077

  • OPG077:S264F

OPG079

  • OPG079:C45Y

OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

OPG089

  • OPG089:D303E

OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

OPG092

  • OPG092:I244N

OPG094

  • OPG094:R175T

OPG096

  • OPG096:I68M
  • OPG096:L75P

OPG100

  • OPG100:R134H
  • OPG100:K152Q

OPG101

  • OPG101:T153A

OPG102

  • OPG102:I249V

OPG104

  • OPG104:T12A

OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

OPG111

  • OPG111:I77V

OPG112

  • OPG112:H34R

OPG113

  • OPG113:V537I

OPG117

  • OPG117:D454N

OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:S124L

OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:T493M
  • OPG125:I514V

OPG126

  • OPG126:A26S

OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

OPG133

  • OPG133:F594S

OPG134

  • OPG134:E226D

OPG135

  • OPG135:V90E

OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:M740I

OPG140

  • OPG140:P39H

OPG144

  • OPG144:T184I

OPG145

  • OPG145:P76Q
  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:Q463R

OPG148

  • OPG148:I313S

OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D

OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P

OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A

OPG157

  • OPG157:M24V

OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

OPG163

  • OPG163:V46A

OPG164

  • OPG164:S7L

OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:V96I
  • OPG170:M111I

OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

OPG173

  • OPG173:N21S

OPG174

  • OPG174:R315C

OPG175

  • OPG175:Q98*

OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y
  • OPG181:M273I

OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T
  • OPG185:T239I

OPG187

  • OPG187:K300*

OPG188

  • OPG188:S227F
  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

OPG192

  • OPG192:G100E

OPG193

  • OPG193:I108R

OPG195

  • OPG195:C120S

OPG197

  • OPG197:M1I
  • OPG197:S18T

OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R

OPG199

  • OPG199:D208N
  • OPG199:K230E

OPG200

  • OPG200:E134G

OPG204

  • OPG204:N178K

OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A
  • OPG205:R733Q

OPG208

  • OPG208:A34V
  • OPG208:I142T
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:A475V
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:E1057D
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
Deletions

OPG002

OPG002:172

OPG029

OPG029:153, OPG029:154

OPG031

OPG031:258

OPG045

OPG045:16, OPG045:17

OPG049

OPG049:314

OPG159

OPG159:124-126

OPG180

OPG180:555

OPG191

OPG191:166

OPG210

OPG210:734
Insertions

OPG047

ins_OPG047:480:GW

OPG110

ins_OPG110:79:EEV

OPG153

ins_OPG153:369:DDXXXXX, ins_OPG153:376:II

OPG172

ins_OPG172:3:M

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue