PP_006QJLN.1

Ireland/PP_006QJLN.1/2026-02-06
Michael Carr, Laura Fahey, Brian Keogan, Alan Rice, Daniel Hare & Cillian F. De Gascun

National Virus Reference Laboratory, University College Dublin, Belfield, Dublin, Ireland

Sample details

Collection date
2026-02-06
Sampling location
Ireland

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-03-24 11:31lfaheyOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
E.4

INSDC

BioProject accession
BioSample accession

Host

Host
Homo sapiens

Sequencing

Amplicon PCR primer scheme
ARTIC MPXV 400bp - https://labs.primalscheme.com/detail/artic-inrb-mpox/400/v1.0.0/?q=
Sequencing instrument
Illumina NextSeq
Reference genome accession
NC_063383.1
Consensus sequence software name
ivar
Consensus sequence software version
1.4.4
Depth of coverage
1907
Breadth of coverage
98

Submission details

Submission ID
GIRL00015951
Submitting group
Date submitted
2026-03-24 11:31:54 UTC
Date released
2026-03-24 11:36:35 UTC
Earliest release date
2026-03-24

Alignment and QC

Length
197079 (97.6%)
# of SNPs
115
# of deleted bases
18
# of unknown bases
4657

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7008T
  • C7771T
  • G9025A
  • G9229A
  • G10060A
  • C12062T
  • G14000T
  • G15428A
  • C21062T
  • G21723A
  • G23118A
  • C23564T
Deletions

606-609, 133177-133186, 196614-196617
Insertions
N/A

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG016

  • OPG016:R84K

OPG023

  • OPG023:R280K

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG036

  • OPG036:M1I

OPG043

  • OPG043:S39F

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG061

  • OPG061:H27Y

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:R665C

OPG084

  • OPG084:V181I

OPG092

  • OPG092:E155K
  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:G4E
  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG102

  • OPG102:T150I

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG111

  • OPG111:S310L

OPG112

  • OPG112:P70S

OPG114

  • OPG114:D82N

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG124

  • OPG124:L16F

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG137

  • OPG137:R107C

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:T126A
  • OPG150:S307L

OPG153

  • OPG153:E293Q

OPG174

  • OPG174:A2V

OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:E196K
  • OPG176:H221Y

OPG180

  • OPG180:D59N

OPG188

  • OPG188:E202K
  • OPG188:H245Y

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG209

  • OPG209:T131S

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:D427N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue