PP_006PWER.1

South_Africa/PP_006PWER.1/2025-12-04
J. Featherston, A. A. Grobbelaar, K. Govender, N. Govender, A. Ismail, M. Moodley, N. Moolla, S. Mtshali, V. Msimang & J. Weyer

National Institute of Communicable diseases, Sequencing Core Facility

Sample details

Collection date
2025-12-04
Sampling location
South Africa (KwaZulu Natal)
Isolate name
SVPL607_25

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-03-19 03:23insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ib
Outbreak
sh2023
Lineage
None

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2026-03-18
NCBI update date
2026-03-18
Raw reads accession

Host

Host

Submission details

Submission ID
PZ123392.1
Submitting group
Date submitted
2026-03-19 03:23:47 UTC
Date released
2026-03-19 03:33:05 UTC
Earliest release date
2026-03-18

Alignment and QC

Length
193558 (99.7%)
# of SNPs
836
# of inserted bases
1703
# of deleted bases
5019
# of unknown bases
240
# of frame shifts
8
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG153:377-510(nt:136138-136539),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T466C
  • G475A
  • C630A
  • T720C
  • G749A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • G2967A
  • T3099G
Deletions

600-609, 2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 29218-29223, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813,...
Insertions

ins_631:GAGAGAA, ins_755:ACA, ins_1697:A, ins_4598:T, ins_6256:TTT, ins_6527:T, ins_6644:A, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8600:TATATATATAT, ins_9264:A, ins_9568:TT, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAG...

Amino acid mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D

OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:I48T
  • OPG015:L136F
  • OPG015:A249T

OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

OPG019

  • OPG019:G112C
  • OPG019:M124R

OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

OPG022

  • OPG022:G73D

OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

OPG024

  • OPG024:S32G

OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I

OPG029

  • OPG029:C146R

OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K

OPG034

  • OPG034:P184H
  • OPG034:L205R

OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:V17I
  • OPG036:D25E

OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:G159E
  • OPG037:C415R

OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

OPG039

  • OPG039:C279Y

OPG040

  • OPG040:M160I
  • OPG040:S236R
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

OPG042

  • OPG042:T159I

OPG043

  • OPG043:T3A
  • OPG043:N68S

OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

OPG045

  • OPG045:A185T

OPG046

  • OPG046:S95N

OPG047

  • OPG047:I232K

OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

OPG054

  • OPG054:R438G

OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y

OPG059

  • OPG059:I26L

OPG063

  • OPG063:V307A

OPG064

  • OPG064:A88S

OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N
  • OPG066:K140N
  • OPG066:L222I

OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

OPG070

  • OPG070:Y12H
  • OPG070:H205Y

OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

OPG072

  • OPG072:V10I

OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

OPG076

  • OPG076:S20N

OPG079

  • OPG079:C45Y

OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

OPG089

  • OPG089:D303E

OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

OPG092

  • OPG092:I244N

OPG094

  • OPG094:R175T

OPG096

  • OPG096:I68M

OPG100

  • OPG100:R134H
  • OPG100:K152Q

OPG101

  • OPG101:T153A

OPG102

  • OPG102:I249V

OPG104

  • OPG104:T12A

OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

OPG108

  • OPG108:T111I

OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

OPG111

  • OPG111:I77V

OPG112

  • OPG112:H34R
  • OPG112:E95D

OPG113

  • OPG113:V537I

OPG117

  • OPG117:D454N

OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:S124L

OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:T493M
  • OPG125:I514V

OPG126

  • OPG126:A26S

OPG129

  • OPG129:S453L

OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

OPG133

  • OPG133:F594S

OPG134

  • OPG134:E226D

OPG135

  • OPG135:V90E

OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:M740I

OPG140

  • OPG140:P39H

OPG144

  • OPG144:T184I

OPG145

  • OPG145:P76Q
  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

OPG148

  • OPG148:I313S

OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D

OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H

OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A

OPG157

  • OPG157:M24V

OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

OPG160

  • OPG160:P2S

OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

OPG163

  • OPG163:V46A

OPG164

  • OPG164:Y217H

OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

OPG173

  • OPG173:N21S

OPG174

  • OPG174:R315C

OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

OPG178

  • OPG178:I139V

OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

OPG185

  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T
  • OPG185:T239I

OPG187

  • OPG187:K300*

OPG188

  • OPG188:S227F
  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

OPG192

  • OPG192:G100E

OPG193

  • OPG193:I108R

OPG195

  • OPG195:C120S

OPG197

  • OPG197:M1I
  • OPG197:S18T

OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R

OPG199

  • OPG199:K230E

OPG200

  • OPG200:E134G

OPG204

  • OPG204:N178K

OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A
  • OPG205:R733Q

OPG208

  • OPG208:A34V
  • OPG208:I142T
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:A475V
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:E1057D
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
Deletions

OPG002

OPG002:172

OPG029

OPG029:153, OPG029:154

OPG031

OPG031:258

OPG045

OPG045:16, OPG045:17

OPG049

OPG049:314

OPG159

OPG159:124-126

OPG164

OPG164:131-146, OPG164:228

OPG180

OPG180:555

OPG191

OPG191:166

OPG210

OPG210:734
Insertions

OPG047

ins_OPG047:483:X

OPG110

ins_OPG110:79:EEV

OPG112

ins_OPG112:95:SP

OPG153

ins_OPG153:369:DDDDDD, ins_OPG153:510:XXXX

OPG164

ins_OPG164:212:*

OPG172

ins_OPG172:3:MMMMMMM

OPG197

ins_OPG197:32:XXDTDTDTDTDTDTDTDTDT

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue