PP_0052PPP.1

USA/PP_0052PPP.1/2026-02-04
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

Sample details

Collection date
2026-02-04
Sampling location
USA (California)
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00897/2026

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-03-12 03:19insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-03-11
NCBI update date
2026-03-11

Host

Host

Submission details

Submission ID
PZ055569.1
Submitting group
Date submitted
2026-03-12 03:19:29 UTC
Date released
2026-03-12 03:28:48 UTC
Earliest release date
2026-03-11

Alignment and QC

Length
197185 (98%)
# of SNPs
102
# of inserted bases
101
# of deleted bases
125
# of unknown bases
3860

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C4986T
  • G6324A
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • C24584T
  • G25661A
Deletions

602-609, 133177-133186, 179145-179243, 196610-196617
Insertions

ins_0:ATAAGTTTTAGTACATTAATATTAT, ins_133112:NNN, ins_136554:ATC, ins_140142:AACAATTAT, ins_173307:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_197209:ATAATATTAATGTACTAAAACTTAT

Amino acid mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG015

  • OPG015:E391K

OPG023

  • OPG023:P71S

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG040

  • OPG040:D299N

OPG043

  • OPG043:E44K

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N
  • OPG092:S284F

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:D151N

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG143

  • OPG143:S363L

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG188

  • OPG188:E12K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions

OPG153

ins_OPG153:385:D

OPG159

ins_OPG159:126:NYN

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue