PP_0052JAM.1

USA/PP_0052JAM.1/2026-01-08
P. Roychoudhury, X. Xie, S. Ellis & A. Greninger

University of Washington, Laboratory Medicine and Pathology

Sample details

Collection date
2026-01-08
Sampling location
USA (Washington)
Isolate name
WA-UW-74328

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-03-10 03:45insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-03-09
NCBI update date
2026-03-09

Host

Host

Submission details

Submission ID
PZ099313.1
Submitting group
Date submitted
2026-03-10 03:45:40 UTC
Date released
2026-03-10 03:54:51 UTC
Earliest release date
2026-03-09

Alignment and QC

Length
197173 (99.6%)
# of SNPs
106
# of inserted bases
34
# of deleted bases
70
# of ambiguous bases
1
# of unknown bases
874

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20075T
  • C20453T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25213A
  • G25661A
Deletions

602-609, 133177-133186, 140134-140142, 150586-150602, 179194-179211, 196610-196617
Insertions

ins_0:TTTTAGTACATTAATATTAT, ins_133102:TTT, ins_173304:NNNN, ins_192403:TA, ins_197209:TAAAT

Amino acid mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG023

  • OPG023:P71S

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG035

  • OPG035:M110I

OPG040

  • OPG040:S89F

OPG043

  • OPG043:E44K

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG063

  • OPG063:S54L

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:D151N
  • OPG120:S299L

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG154

  • OPG154:E77K

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG180

  • OPG180:H16Y
  • OPG180:E291K

OPG188

  • OPG188:E12K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG205

  • OPG205:E3K

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG159

OPG159:124-126
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue