PP_004M8EK.1

Display Name: USA/PP_004M8EK.1/2026-01-27
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Sample details

Collection date
2026-01-27
Country
USA
Admin level 1
California
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00890/2026

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-03-01 03:25insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

Authors

Author affiliations
Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-02-28
NCBI update date
2026-02-28

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
197150
Completeness
100.00%
# of SNPs
108
# of inserted bases
90
# of deleted bases
149
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
7
# of frame shifts
1
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG103:182-186(nt:80544-80558)

Submission details

Submission ID
PZ035246.1
Submitting group
Date submitted
2026-03-01 03:25:55 UTC
Date released
2026-03-01 03:35:11 UTC
Earliest release date
2026-02-28

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • C3405T
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25661A
  • C27826T
    • Deletions
    602-609, 50373-50396, 133177-133186, 179145-179243, 196610-196617
    Insertions
    ins_0:ATAAGTTTTAGTACATTAATATTAT, ins_80543:T, ins_133102:TTT, ins_173317:ATATATATATATATATATATATATATATATATATAT, ins_197209:ATAATATTAATGTACTAAAACTTAT

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:E95K

    • OPG023

  • OPG023:P71S

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG043

  • OPG043:E44K

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG064

  • OPG064:E258K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L
  • OPG105:R1263K

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:D151N

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG174

  • OPG174:D55N
  • OPG174:D288N

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG188

  • OPG188:E12K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG069:130-137
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue