PP_004KYFX.1

Portugal/Monkeypox_PT0972_2026/2026-01-22
Daniel Sobral, Rita Cordeiro, Luis Coelho, Rita Ferreira, Joana Isidro, Vitor Borges & Joao Paulo Gomes

Instituto Nacional de Saude Doutor Ricardo Jorge (INSA), Portugal

Sample details

Collection date
2026-01-22
Sampling location
Portugal
Isolate name
Monkeypox_PT0972_2026

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession
Raw reads accession

Host

Host

Sequencing

Sequencing date
2026-02-20
Sequencing instrument
NextSeq 550
Sequencing protocol
dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5qpvob1nbl4o/v4

Submission details

Submission ID
Monkeypox_PT0972_2026
Submitting group
Date submitted
2026-02-25 11:12:45 UTC
Date released
2026-02-25 11:14:02 UTC
Earliest release date
2026-02-25

Alignment and QC

Length
195594 (95.5%)
# of SNPs
101
# of inserted bases
78
# of deleted bases
88
# of unknown bases
7215

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • C20866T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25213A
  • G25661A
Deletions
133177-133186, 169769-169774, 179172-179243
Insertions
ins_133102:TT, ins_174077:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG023

  • OPG023:P71S

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG036

  • OPG036:E67K

OPG040

  • OPG040:S89F

OPG043

  • OPG043:E44K

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG120

  • OPG120:D151N

OPG136

  • OPG136:D98N
  • OPG136:R554K

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:H221Y
  • OPG176:D226N

OPG180

  • OPG180:E511K

OPG188

  • OPG188:E12K
  • OPG188:E338K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG197

OPG197:34, OPG197:35
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue