PP_004K576.1

Display Name: Ireland/PP_004K576.1/2026-02
Michael Carr, Laura Fahey, Brian Keogan, Alan Rice, Cliona Kenna, Andrea Crowley, Daniel Hare & Cillian F. De Gascun

Sample details

Collection date
2026-02
Country
Ireland
Isolate name
GIRL00011685

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-02-17 15:53lfaheyOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

Authors

Author affiliations
National Virus Reference Laboratory, University College Dublin, Belfield, Dublin, Ireland

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host name - scientific
Homo sapiens

Sequencing

Amplicon PCR primer scheme
ARTIC MPXV 400bp - https://labs.primalscheme.com/detail/artic-inrb-mpox/400/v1.0.0/?q=
Sequencing instrument
Illumina NextSeq
Reference genome accession
PX667572.1
Consensus sequence software name
ivar
Consensus sequence software version
1.4.2
Depth of coverage
1551
Breadth of coverage
94

Alignment and QC metrics

Length
197064
Completeness
94.00%
# of SNPs
99
# of inserted bases
0
# of deleted bases
32
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
11724
# of frame shifts
0
# of stop codons
0

Submission details

Submission ID
GIRL00011685
Submitting group
Date submitted
2026-02-17 15:53:23 UTC
Date released
2026-02-17 15:54:19 UTC
Earliest release date
2026-02-17

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • C20453T
  • C20866T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25213A
  • G25661A
  • C27826T
    • Deletions
    602-609, 133177-133186, 169769-169774, 196610-196617
    Insertions
    None

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG023

  • OPG023:P71S

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG036

  • OPG036:E67K

    • OPG040

  • OPG040:S89F

    • OPG043

  • OPG043:E44K

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:D151N

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG143

  • OPG143:D223N

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y
  • OPG176:D226N

    • OPG180

  • OPG180:E511K

    • OPG188

  • OPG188:E12K
  • OPG188:E338K

    • OPG193

  • OPG193:L263F
  • OPG193:D267N

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG197:34, OPG197:35
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue