PP_004K576.1

Ireland/GIRL00011685/2026-02-01_TO_2026-02-17
Michael Carr, Laura Fahey, Brian Keogan, Alan Rice, Cliona Kenna, Andrea Crowley, Daniel Hare & Cillian F. De Gascun

National Virus Reference Laboratory, University College Dublin, Belfield, Dublin, Ireland

Sample details

Collection date
2026-02-01/2026-02-17
Sampling location
Ireland
Isolate name
GIRL00011685

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host

Sequencing

Amplicon PCR primer scheme
ARTIC MPXV 400bp - https://labs.primalscheme.com/detail/artic-inrb-mpox/400/v1.0.0/?q=
Sequencing instrument
ILLUMINA
Reference genome accession
PX667572.1
Consensus sequence software name
ivar
Consensus sequence software version
1.4.2
Depth of coverage
1551
Breadth of coverage
94

Submission details

Submission ID
GIRL00011685
Submitting group
Date submitted
2026-02-17 15:53:23 UTC
Date released
2026-02-17 15:54:19 UTC
Earliest release date
2026-02-17

Alignment and QC

Length
197064 (94%)
# of SNPs
99
# of deleted bases
32
# of unknown bases
11724

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • C20453T
  • C20866T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25213A
  • G25661A
  • C27826T
Deletions
602-609, 133177-133186, 169769-169774, 196610-196617
Insertions
N/A

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG023

  • OPG023:P71S

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG036

  • OPG036:E67K

OPG040

  • OPG040:S89F

OPG043

  • OPG043:E44K

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:D151N

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG143

  • OPG143:D223N

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:H221Y
  • OPG176:D226N

OPG180

  • OPG180:E511K

OPG188

  • OPG188:E12K
  • OPG188:E338K

OPG193

  • OPG193:L263F
  • OPG193:D267N

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG197

OPG197:34, OPG197:35
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue