PP_004K485.1

Ireland/GIRL00084093/2025-11
Michael Carr, Laura Fahey, Brian Keogan, Alan Rice, Daniel Hare & Cillian F. De Gascun

National Virus Reference Laboratory, University College Dublin, Belfield, Dublin, Ireland

Sample details

Collection date
2025-11
Sampling location
Ireland
Isolate name
GIRL00084093

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.4.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host

Sequencing

Amplicon PCR primer scheme
ARTIC MPXV 400bp - https://labs.primalscheme.com/detail/artic-inrb-mpox/400/v1.0.0/?q=
Sequencing instrument
ILLUMINA
Reference genome accession
PX667572.1
Consensus sequence software name
ivar
Consensus sequence software version
1.4.2
Depth of coverage
1232
Breadth of coverage
88

Submission details

Submission ID
GIRL00084093
Submitting group
Date submitted
2026-02-17 15:45:11 UTC
Date released
2026-02-17 15:45:50 UTC
Earliest release date
2026-02-17

Alignment and QC

Length
196863 (88%)
# of SNPs
86
# of deleted bases
10
# of ambiguous bases
3
# of unknown bases
23364

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • C8722T
  • G14000T
  • G15428A
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • C34277T
Deletions
133177-133186
Insertions
N/A

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG037

  • OPG037:S347F

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:D54N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG113

  • OPG113:H218Y
  • OPG113:E467K

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG122

  • OPG122:R182Q

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG175

  • OPG175:S29L

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG205

  • OPG205:D330N

OPG209

  • OPG209:S30L

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue