PP_004JSRJ.1

France/PP_004JSRJ.1/2025-09-09
K. Bollore, A. Mignotte, G. Lacour, J. Mocq, O. Courot, J. Hanin, G. Piorkowski, R. Amaral, A. Fontaine, R. Klitting, X. de Lamballerie & Y. Simonin

Pathogenesis and Control of Chronic and Emerging Infections, Universite de Montpellier, National Institute of Health and Medical Research, Montpellier, France; Unité des Virus Émergents, Aix-Marseille Univ, Università di Corsica, IRD 190, National Institute of Health and Medical Research 1207, Institut de Recherche Biomédicale des Armées, Marseille

Sample details

Collection date
2025-09-09
Sampling location
France (Saint-Jean de Vedas, Occitanie)

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-02-11 16:27raphaelle.klitting@posteo.deOPEN
Data use terms URL

Lineage

Lineage
2

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Sampling

Collection device
MX

Host

Host

Sequencing

Sequencing instrument
Ion Torrent

Submission details

Submission ID
MX_SJV_CAN_250910
Submitting group
Date submitted
2026-02-11 16:26:59 UTC
Date released
2026-02-11 16:28:06 UTC
Earliest release date
2026-02-11

Alignment and QC

Length
10383 (98%)
# of SNPs
2152
# of inserted bases
6
# of deleted bases
432
# of frame shifts
1
Frame shifts
NS4B:31-33(nt:7006-7014)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

  • A54T
  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216G
  • G219A
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • G261A
Deletions

6994-6996, 10393-10410, 10421-10436, 10447-10535, 10544-10645, 10651-10713, 10718-10858
Insertions

ins_7005:GTTGA, ins_7014:G

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

2K

  • 2K:M15L

NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:K44R
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T
  • NS1:L192M

NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:R122K
  • NS2A:Q123N
  • NS2A:I124V
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K
  • NS2A:I183V

NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I

NS3

  • NS3:K11R
  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:R215K
  • NS3:A233S
  • NS3:P249H
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T436E

NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A

NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T

NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:K190R
  • NS5:L197T
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K

capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108T
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A

env

  • env:E55D
  • env:T64S
  • env:K71R
  • env:D83E
  • env:R93K
  • env:S122T
  • env:I126T
  • env:R128W
  • env:T129I
  • env:L131Q
  • env:V159A
  • env:L167F
  • env:A172S
  • env:N199S
  • env:T205S
  • env:T208A
  • env:T210S
  • env:V232T

prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73S
  • prM:M112L
  • prM:V156A
  • prM:V157I
Deletions

NS4B

NS4B:28-30
Insertions

NS4B

ins_NS4B:22:TRETTLG

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