PP_004ECFU.1

Display Name: USA/PP_004ECFU.1/2025-10-23
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Sample details

Collection date
2025-10-23
Country
USA
Admin level 1
California
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00776/2025

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-12-11 18:32insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
E.4

Authors

Author affiliations
Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2025-12-09
NCBI update date
2025-12-09

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
197182
Completeness
99.99%
# of SNPs
106
# of inserted bases
97
# of deleted bases
124
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
12
# of frame shifts
0
# of stop codons
0

Submission details

Submission ID
PX632605.1
Submitting group
Date submitted
2025-12-11 18:32:11 UTC
Date released
2025-12-11 18:41:12 UTC
Earliest release date
2025-12-09

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G9025A
  • G9229A
  • G10060A
  • C12062T
  • C12774T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • C23564T
    • Deletions
    606-609, 133177-133186, 174531-174536, 179145-179243, 181253, 196614-196617
    Insertions
    ins_0:ATAAGTTTTAGTACATTAATATTAT, ins_133102:TTT, ins_150584:N, ins_166116:TTAATAA, ins_173301:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_197209:ATAATATTAATGTACTAAAACTTAT

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG023

  • OPG023:E43K
  • OPG023:R280K

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG036

  • OPG036:M1I

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG061

  • OPG061:H27Y

    • OPG068

  • OPG068:D397N

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:R665C

    • OPG092

  • OPG092:E155K
  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG112

  • OPG112:P70S

    • OPG114

  • OPG114:D82N

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:E26K

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG137

  • OPG137:R107C
  • OPG137:D272N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:A400V
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG153

  • OPG153:E293Q

    • OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:D59N

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG209

  • OPG209:T131S

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue