PP_004EBQA.1

Display Name: Portugal/PP_004EBQA.1/2025-10-01
Daniel Sobral, Rita Cordeiro, Luis Coelho, Rita Ferreira, Joana Isidro, Vitor Borges & Joao Paulo Gomes

Sample details

Collection date
2025-10-01
Country
Portugal
Isolate name
Monkeypox_PT0910_2025

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-12-10 17:58daniel.sobralOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.4

Authors

Author affiliations
Instituto Nacional de Saude Doutor Ricardo Jorge (INSA), Portugal

INSDC

BioProject accession
BioSample accession
Raw reads accession

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens
Host name - common
Human

Sequencing

Sequencing date
2025-12-05
Sequencing instrument
Illumina NextSeq 550
Sequencing protocol
dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5qpvob1nbl4o/v4

Alignment and QC metrics

Length
195650
Completeness
91.18%
# of SNPs
95
# of inserted bases
79
# of deleted bases
82
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
15843
# of frame shifts
1
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG044:148-150(nt:28532-28540)

Submission details

Submission ID
Monkeypox_PT0910_2025
Submitting group
Date submitted
2025-12-10 17:58:13 UTC
Date released
2025-12-10 17:59:16 UTC
Earliest release date
2025-12-10

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • C16227T
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22529T
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • C28887T
  • C29199T
    • Deletions
    133177-133186, 179172-179243
    Insertions
    ins_28531:A, ins_133126:NN, ins_174088:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG027

  • OPG027:D51N

    • OPG038

  • OPG038:E211K

    • OPG045

  • OPG045:E22K
  • OPG045:E126K

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG058

  • OPG058:E31K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG104

  • OPG104:D25N

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:H218Y

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG148

  • OPG148:G312S

    • OPG154

  • OPG154:A91V

    • OPG175

  • OPG175:S29L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:R34K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG205

  • OPG205:D330N

    • OPG210

  • OPG210:T111I
  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue