Display Name: USA/PP_004A018.1/2025-08-07
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Sample details

Collection date
2025-08-07
Country
USA
Admin level 1
California
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00752/2025

Data use terms

Data use terms
OPEN

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
F.4

Authors

Author affiliations
Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2025-10-15
NCBI update date
2025-10-15

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
197174
Completeness
99.89%
# of SNPs
94
# of inserted bases
90
# of deleted bases
125
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
219
# of frame shifts
0
# of stop codons
0

Submission details

Submission ID
PX454703.1
Date submitted
2025-10-16 02:54:55 UTC
Date released
2025-10-16 02:55:38 UTC
Earliest release date
2025-10-15

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • C16227T
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22529T
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • C29199T
  • G30367A
  • Deletions
    602-609, 133177-133186, 179145-179243, 196610-196617
    Insertions
    ins_0:ATAAGTTTTAGTACATTAATATTAT, ins_133112:NNN, ins_150585:G, ins_173290:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_197209:ATAATATTAATGTACTAAAACTTAT

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG002

  • OPG002:S54F
  • OPG003

  • OPG003:D264N
  • OPG025

  • OPG025:A423D
  • OPG027

  • OPG027:D51N
  • OPG038

  • OPG038:E211K
  • OPG045

  • OPG045:E22K
  • OPG047

  • OPG047:R48C
  • OPG053

  • OPG053:P78S
  • OPG056

  • OPG056:E125K
  • OPG057

  • OPG057:E353K
  • OPG071

  • OPG071:L108F
  • OPG072

  • OPG072:D56N
  • OPG092

  • OPG092:D196N
  • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N
  • OPG094

  • OPG094:M142I
  • OPG098

  • OPG098:E162K
  • OPG104

  • OPG104:D25N
  • OPG105

  • OPG105:S734L
  • OPG109

  • OPG109:H740Y
  • OPG113

  • OPG113:H218Y
  • OPG118

  • OPG118:K606E
  • OPG136

  • OPG136:D98N
  • OPG139

  • OPG139:A17T
  • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K
  • OPG148

  • OPG148:G312S
  • OPG150

  • OPG150:S307L
  • OPG154

  • OPG154:A91V
  • OPG170

  • OPG170:H116Y
  • OPG175

  • OPG175:S29L
  • OPG176

  • OPG176:H221Y
  • OPG180

  • OPG180:R34K
  • OPG193

  • OPG193:L263F
  • OPG205

  • OPG205:D330N
  • OPG210

  • OPG210:T111I
  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
  • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue