PP_0049QP9.1

Sierra_Leone/PP_0049QP9.1/2025-07-09
Allan K. O. Campbell, Ifeanyi Omah, Vidalyn Folorunso, Naomi Daniel-Sesay, Anu J. Williams, Sia Mani, Roberta Lansana, Amanda Kargbo & Zein Souma

Central Public Health Reference Laboratory,University of Edinburgh, Edinburgh, UK,National Public Health Agency

Sample details

Collection date
2025-07-09
Sampling location
Sierra Leone (Western Area Urban)

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-10-13 19:17oakcampbell25@gmail.comOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
G.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Submission details

Submission ID
974_S9|WesternUrban|2025-07-09
Submitting group
Date submitted
2025-10-13 19:17:47 UTC
Date released
2025-10-13 19:42:18 UTC
Earliest release date
2025-10-13

Alignment and QC

Length
197180 (100%)
# of SNPs
84
# of inserted bases
1
# of deleted bases
30
# of unknown bases
12
# of frame shifts
1
Frame shifts
OPG174:290-347(nt:148355-148528)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G2398A
  • C4611T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
Deletions

607-609, 136546-136554, 148529-148535, 163207-163214, 196615-196617
Insertions

ins_170904:T

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG015

  • OPG015:D18N

OPG021

  • OPG021:S196L

OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

OPG025

  • OPG025:D160N

OPG031

  • OPG031:D13N

OPG036

  • OPG036:S51F

OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

OPG044

  • OPG044:D17N

OPG047

  • OPG047:D187N

OPG049

  • OPG049:S95L

OPG053

  • OPG053:G38E

OPG054

  • OPG054:E10K

OPG060

  • OPG060:S107L

OPG083

  • OPG083:R341K

OPG092

  • OPG092:D90N

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG106

  • OPG106:R29K

OPG112

  • OPG112:E85K

OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG122

  • OPG122:H198Y

OPG132

  • OPG132:E326K
  • OPG132:M357I

OPG133

  • OPG133:S616F

OPG136

  • OPG136:A327T

OPG145

  • OPG145:D29N

OPG150

  • OPG150:S43L

OPG172

  • OPG172:E56K

OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

OPG176

  • OPG176:Q22*

OPG180

  • OPG180:D442N

OPG185

  • OPG185:D68N

OPG188

  • OPG188:H120Y

OPG190

  • OPG190:P221S

OPG198

  • OPG198:E57K

OPG204

  • OPG204:E314K

OPG205

  • OPG205:R689C

OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
Deletions

OPG153

OPG153:383-385

OPG174

OPG174:288, OPG174:289
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue