PP_0049QMD.1

Display Name: Sierra_Leone/PP_0049QMD.1/2025-07-09
Allan K. O. Campbell, Ifeanyi Omah, Vidalyn Folorunso, Naomi Daniel-Sesay, Anu J. Williams, Sia Mani, Roberta Lansana, Amanda Kargbo & Zein Souma

Sample details

Collection date
2025-07-09
Country
Sierra Leone
Admin level 1
Western Area Urban

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-10-13 19:17oakcampbell25@gmail.comOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
G.1

Authors

Author affiliations
Central Public Health Reference Laboratory,University of Edinburgh, Edinburgh, UK,National Public Health Agency

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Alignment and QC metrics

Length
197181
Completeness
99.99%
# of SNPs
79
# of inserted bases
1
# of deleted bases
29
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
18
# of frame shifts
2
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG044:149-150(nt:28533-28540),OPG174:290-347(nt:148355-148528)

Submission details

Submission ID
972_S11|WesternUrban|2025-07-09
Submitting group
Date submitted
2025-10-13 19:17:47 UTC
Date released
2025-10-13 19:42:18 UTC
Earliest release date
2025-10-13

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C4611T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
    • Deletions
    608, 609, 28532, 136546-136554, 148529-148535, 163207-163214, 196616, 196617
    Insertions
    ins_170904:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D18N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG031

  • OPG031:D13N

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG106

  • OPG106:R29K

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG136

  • OPG136:A327T

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N
  • OPG185:E204K

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:E57K

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG044:148, OPG153:383-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue