Display Name: USA/PP_0049MJN.1/2025-09-11
P. Roychoudhury, X. Xie, S. Ellis & A. Greninger

Sample details

Collection date
2025-09-11
Country
USA
Admin level 1
Washington
Isolate name
WA-UW-84947

Data use terms

Data use terms
OPEN

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
F.2

Authors

Author affiliations
University of Washington, Laboratory Medicine and Pathology

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2025-10-11
NCBI update date
2025-10-11

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
197186
Completeness
100.00%
# of SNPs
97
# of inserted bases
47
# of deleted bases
70
# of ambiguous bases
1
# of unknown bases
0
# of frame shifts
0
# of stop codons
0

Submission details

Submission ID
PX447327.1
Date submitted
2025-10-12 03:10:00 UTC
Date released
2025-10-12 03:10:17 UTC
Earliest release date
2025-10-11

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25213A
  • G25661A
  • G26807A
  • Deletions
    602-609, 133177-133186, 136552-136554, 150586-150602, 169769-169774, 179194-179211, 196610-196617
    Insertions
    ins_0:TTTTAGTACATTAATATTWW, ins_133102:TTT, ins_173317:ATAT, ins_197209:WWAATATTAATGTACTAAAA

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N
  • OPG002

  • OPG002:S54F
  • OPG003

  • OPG003:D264N
  • OPG023

  • OPG023:P71S
  • OPG025

  • OPG025:A423D
  • OPG040

  • OPG040:S89F
  • OPG043

  • OPG043:E44K
  • OPG047

  • OPG047:R48C
  • OPG053

  • OPG053:P78S
  • OPG056

  • OPG056:E125K
  • OPG057

  • OPG057:E353K
  • OPG071

  • OPG071:L108F
  • OPG072

  • OPG072:D56N
  • OPG092

  • OPG092:D196N
  • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N
  • OPG094

  • OPG094:M142I
  • OPG098

  • OPG098:E162K
  • OPG105

  • OPG105:S734L
  • OPG109

  • OPG109:H740Y
  • OPG118

  • OPG118:K606E
  • OPG120

  • OPG120:D151N
  • OPG136

  • OPG136:D98N
  • OPG139

  • OPG139:A17T
  • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K
  • OPG150

  • OPG150:S307L
  • OPG176

  • OPG176:H221Y
  • OPG188

  • OPG188:E12K
  • OPG193

  • OPG193:L263F
  • OPG205

  • OPG205:E749K
  • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
  • Deletions
    OPG153:385, OPG197:34, OPG197:35
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue