PP_003V4KX.1

Display Name: Ireland/PP_003V4KX.1/2025-08-16
Michael Carr, Laura Fahey, Brian Keogan, Alan Rice, Daniel Hare & Cillian F. De Gascun

Sample details

Collection date
2025-08-16
Country
Ireland

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-09-12 16:09lfaheyOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
A.2.2

Authors

Author affiliations
National Virus Reference Laboratory, University College Dublin, Belfield, Dublin, Ireland

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host name - scientific
Homo sapiens

Sequencing

Amplicon PCR primer scheme
ARTIC MPXV 400bp - https://labs.primalscheme.com/detail/artic-inrb-mpox/400/v1.0.0/?q=
Sequencing instrument
Illumina NextSeq
Reference genome accession
NC_063383.masked
Consensus sequence software name
ivar
Consensus sequence software version
1.4.2
Depth of coverage
1378
Breadth of coverage
96

Alignment and QC metrics

Length
190697
Completeness
93.06%
# of SNPs
68
# of inserted bases
1
# of deleted bases
34
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
7204
# of frame shifts
2
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG153:386-510(nt:136138-136512),OPG174:290-347(nt:148355-148528)

Submission details

Submission ID
GIRL00060147
Submitting group
Date submitted
2025-09-12 16:09:28 UTC
Date released
2025-09-12 16:10:24 UTC
Earliest release date
2025-09-12

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G4969A
  • C5079T
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C12144T
  • G12325A
  • C13298T
  • C14790T
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
  • T28175C
  • C30636T
  • C32530T
  • G32868A
    • Deletions
    136513-136531, 148529-148535, 163207-163214
    Insertions
    ins_170904:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D360N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:D253N
  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L
  • OPG049:D208N

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG063

  • OPG063:D362N

    • OPG064

  • OPG064:T352R

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:D94N

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1245N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG153:380-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue